| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,359,220 | G→T | 5.2% | S371Y (TCC→TAC) | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 1,359,220 | 0 | G | T | 5.2% | 978.0 / 28.2 | 288 | S371Y (TCC→TAC) | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/148); new base T (5/10); total (130/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1359074‑1359369 | tGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACa < 1:846318/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTCGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCGGGACAg > 1:3280498/1‑150 (MQ=255) cTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCgg > 1:627470/1‑150 (MQ=255) 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aaGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAggg > 2:2168968/1‑150 (MQ=255) gaccccTGTGCGCGCACTGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTg > 2:5432711/4‑150 (MQ=255) agCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGc > 1:1856972/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGcc < 2:5136635/150‑1 (MQ=255) cccTGTGCGCGCACTGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCg > 2:2352014/1‑150 (MQ=255) 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tCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGccc > 1:2513440/1‑149 (MQ=255) tCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCca < 2:87410/150‑1 (MQ=255) gTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACg > 1:3828671/1‑150 (MQ=255) ccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGc > 1:2985717/3‑150 (MQ=255) gcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCttt < 2:18817/117‑1 (MQ=255) gcagcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCAt < 1:5298670/150‑1 (MQ=255) agcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATga > 1:5206357/1‑150 (MQ=255) gcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTg > 2:4527066/1‑82 (MQ=255) gcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaa < 1:3216964/150‑1 (MQ=255) cTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACCGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACACCAGGTTGTAGAACTCGCTCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaag > 2:3806754/1‑150 (MQ=255) cTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaag > 2:5295954/1‑150 (MQ=255) | TGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1359074‑1359369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |