| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 139,740 | T→G | 6.1% | Q255P (CAG→CCG) | kinB ← | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 139,740 | 0 | T | G | 6.1% | 555.6 / 4.5 | 192 | Q255P (CAG→CCG) | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/84); new base G (3/13); total (95/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GGGCTTCGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCC > NC_002947/139594‑139889 | gggCTTCGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTggc < 1:5375518/150‑1 (MQ=255)gggCTTCGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTggc < 1:5375657/150‑1 (MQ=255) cTTCGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTggccgg < 1:5511404/150‑1 (MQ=255) cgtccAGGCTGCTGACCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGTTGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACAGCCTGTTAACGCTGCTGGCCGTCca < 2:2804858/147‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 1:5061336/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 1:5061406/150‑1 (MQ=255) tgctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCctgcttgaaat > 1:3540994/1‑143 (MQ=255) tgctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgt < 2:4255715/150‑1 (MQ=255) gctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgtc < 2:2396492/150‑1 (MQ=255) tgcCCACGCGGGTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTCCCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGa < 2:1462230/150‑1 (MQ=255) cccAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACg > 2:5087488/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCTGTCGTTCCAGCCCTGGTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGTGGTGCTCGCGGCGGCCCTGAGGGTCGATGATCTGCTGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTTTAAACGCTGCTGGCGGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg < 1:3320476/150‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg > 2:4749265/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGATCGAGGCGGTCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCACGTCGACGAtg > 1:3700464/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtgg > 2:796086/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtgg < 1:1297668/150‑1 (MQ=255) gCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtggt > 2:5136108/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGTGGTGCTCGTGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGTTGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGc < 1:427038/150‑1 (MQ=255) 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ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCCGCGCGGCGACGTGGGTGGGCTGGTGc > 1:1396965/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGc < 2:342708/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGc > 2:4077806/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCACAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAATCGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTgg > 2:4283580/1‑149 (MQ=255) ccagcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCtt < 2:2379436/150‑1 (MQ=255) agccctgcGGGCGCGGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCCGGCGGTCTTCGTTGCTGTCGTTTCCCGCATGTAAACGCTGGGGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgc < 1:2040335/150‑1 (MQ=255) agcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGgtgcgtgc > 1:4777356/1‑150 (MQ=255) agcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgc < 2:1697529/150‑1 (MQ=255) gcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgcg > 1:905243/1‑150 (MQ=255) agcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCCGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCGCGGCGACGGTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCacg > 2:1590487/1‑148 (MQ=255) 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gtcgATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGt < 2:1944315/150‑1 (MQ=255) aTGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTcaca > 1:2948290/1‑150 (MQ=255) aTGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTcaca < 2:5607428/150‑1 (MQ=255) tGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACAt < 2:614686/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGCGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATc < 1:5127522/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAg > 1:1377721/1‑74 (MQ=255) tGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAg < 2:1377721/74‑1 (MQ=255) tGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAAAGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGa > 1:2534951/1‑150 (MQ=255) gTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgc > 1:3081512/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGTAACCGCGGCGGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgccct < 1:4944388/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgccct > 2:2354104/1‑150 (MQ=255) cGCCTTTAACCGCGGCGGCCGGGCCCGCAGCTCGTCGACGTTGGGGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgccctt < 1:1875112/150‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgccctt > 2:3299980/1‑150 (MQ=255) cTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgcccttgcc > 1:414903/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACt > 2:1332422/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGTCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGt > 2:3375356/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGt > 1:1578859/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCg > 2:1676277/1‑150 (MQ=255) ctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCAGCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGgc > 2:727900/1‑150 (MQ=255) tgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGgcc > 2:437973/1‑150 (MQ=255) | GGGCTTCGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCC > NC_002947/139594‑139889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |