| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 139,749 | A→C | 8.0% | L252R (CTG→CGG) | kinB ← | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 139,749 | 0 | A | C | 8.0% | 531.7 / 5.5 | 199 | L252R (CTG→CGG) | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/77); new base C (12/9); total (113/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
ACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTGGC > NC_002947/139602‑139897 | aCCAGGCTGCGGCCCAAGCGGCTGTCGGGCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCGGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCcagc < 2:4998936/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCcagca < 2:1252063/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 1:5061339/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 2:3320850/150‑1 (MQ=255) tgctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCctgcttgaaat > 1:3540994/1‑143 (MQ=255) tgctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgt < 2:4255715/150‑1 (MQ=255) gctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgtc < 2:2396492/150‑1 (MQ=255) gctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCGGGCCGGCCCGCCGCgcgtc > 1:509481/1‑150 (MQ=255) tgcCCACGCGGGTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTCCCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGa < 2:1462230/150‑1 (MQ=255) cccAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACg > 2:5087488/1‑150 (MQ=255) cAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACGtt > 1:920120/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg > 2:4749265/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtgg > 2:796086/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtgg < 1:1297668/150‑1 (MQ=255) gCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGTGGCGGCCCTGACGGTCGATTATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGGTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtggt < 1:2551256/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGTGGTGCTCGTGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGTTGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGc < 1:427038/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCt > 2:5298468/1‑150 (MQ=255) tCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTgg > 2:4707977/1‑150 (MQ=255) gTTCCCGCCCAGCGGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCGGACGGTCGAGGATCCGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCGGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTg < 2:3570982/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGCGGCGGCCCTGCCGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCTCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGc < 2:1490162/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCCGCGCGGCGACGTGGGTGGGCTGGTGc > 1:1396965/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGc < 2:342708/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCACAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAATCGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTgg > 2:4283580/1‑149 (MQ=255) ccagcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCtt < 2:2379436/150‑1 (MQ=255) agccctgcGGGCGCGGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCCGGCGGTCTTCGTTGCTGTCGTTTCCCGCATGTAAACGCTGGGGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgc < 1:2040335/150‑1 (MQ=255) agcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGgtgcgtgc > 1:4777356/1‑150 (MQ=255) agcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgc < 2:1697529/150‑1 (MQ=255) gcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgcg > 2:2702542/1‑150 (MQ=255) gcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCGCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTgcg > 1:905155/1‑150 (MQ=255) ccggtGGCGCAGCGCCACCCGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCaa > 1:5599024/5‑150 (MQ=255) agcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCCGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCGCGGCGACGGTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCacg > 2:1590487/1‑148 (MQ=255) agcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAg < 1:3651015/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCGTGCGCAAGGc > 1:4986894/1‑150 (MQ=255) 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gCCTTTAACCGCTGCGGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgcccttg < 1:3098308/150‑1 (MQ=255) cTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgcccttgcc > 1:414903/1‑150 (MQ=255) cTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAAttgcccttgcc < 2:3660708/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACt > 2:1332422/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGt > 1:1578859/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGt > 2:4490318/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTc > 1:2637402/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCg > 2:1676277/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCg > 2:3633310/1‑150 (MQ=255) ctgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCAGCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGgc > 2:727900/1‑150 (MQ=255) tgGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGgcc > 2:437973/1‑150 (MQ=255) gccggccAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGgccgc > 1:5415871/1‑150 (MQ=255) cggccAGCAGCTCGTCGACGATGGAGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTAGCCCAACTGGGCGGCCGCCt > 2:4926067/1‑150 (MQ=255) ggccAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCtt < 1:4446299/150‑1 (MQ=255) gccAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAACCGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTg < 2:1396965/150‑1 (MQ=255) | ACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTGGC > NC_002947/139602‑139897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |