| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,581,748 | 0 | A | T | 6.1% | 906.9 / 33.5 | 279 | intergenic (‑277/+36) | galP‑II/ttgC | porin‑like protein/efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/123); new base T (8/9); total (145/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GGCAATTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAGGCG > NC_002947/1581599‑1581897 | cAATTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATa > 2:3020548/1‑150 (MQ=255) aaTTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATaa < 1:2710980/150‑1 (MQ=255) cgccgcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGt < 1:5145470/150‑1 (MQ=255) cgcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTggg > 1:2135325/1‑150 (MQ=255) cgcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTggg < 1:4025532/150‑1 (MQ=255) cgcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCAGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGAAGAAAAAACAAAGCCCACCGAAAAGGGTggg > 1:2935745/1‑150 (MQ=255) gcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGc < 1:4553588/150‑1 (MQ=255) aacggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCCTTATCGGTGGGCttt < 1:3765229/150‑1 (MQ=255) ggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCtttgtt < 2:5254972/150‑4 (MQ=255) ggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTg < 2:1431/150‑1 (MQ=255) ggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTg < 1:4981548/150‑1 (MQ=255) cggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCttt < 1:491877/150‑1 (MQ=255) ggggCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCtttt > 2:4483423/1‑150 (MQ=255) ggggCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCtttt < 1:673472/150‑1 (MQ=255) ggCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGc < 1:1397851/150‑1 (MQ=255) gATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGcaac > 2:4943235/1‑150 (MQ=255) tAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGcaacaa > 2:3406643/1‑150 (MQ=255) aTCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAgg > 2:4030891/1‑150 (MQ=255) 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ggAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCa > 2:3843988/1‑150 (MQ=255) aaTGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGc < 2:1121400/150‑1 (MQ=255) ttCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCttt > 2:5087127/1‑150 (MQ=255) ttCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCttt > 2:2646343/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTc < 1:354596/150‑1 (MQ=255) 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gCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCaa < 2:4333825/150‑1 (MQ=255) cctGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTAGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAg > 2:3951372/3‑150 (MQ=255) ttGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAgc > 2:4278805/1‑150 (MQ=255) cgcCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGcc < 2:2875779/150‑1 (MQ=255) gcCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCt > 1:2183529/1‑150 (MQ=255) 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aaaCAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGt > 2:2450618/1‑150 (MQ=255) aCAATGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCGTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCa > 2:2021987/1‑150 (MQ=255) aCAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCa > 1:3032628/1‑150 (MQ=255) gaaaGCCCACCCTTATCGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCGCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAg > 2:2545652/2‑150 (MQ=255) aGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTg < 1:4056993/150‑1 (MQ=255) 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ccGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAg > 2:521142/1‑150 (MQ=255) | GGCAATTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAGGCG > NC_002947/1581599‑1581897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |