Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,630,198 | G→T | 9.1% | intergenic (+30/+27) | PP_1425 → / ← nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,630,198 | 0 | G | T | 9.1% | 652.9 / 44.3 | 230 | intergenic (+30/+27) | PP_1425/nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (126/81); new base T (12/9); total (138/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTG > NC_002947/1630050‑1630347 | gTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGa < 2:3340517/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGccc < 1:3777954/150‑1 (MQ=255) tGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCcgc > 2:4457276/1‑150 (MQ=255) ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGa > 2:3414967/1‑150 (MQ=255) ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGa > 2:3928934/1‑150 (MQ=255) gggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGaa > 1:3356744/1‑150 (MQ=255) gggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGaa > 1:2708262/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAg < 2:4413619/150‑1 (MQ=255) 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gCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCac > 1:3567060/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCacga > 2:5194745/1‑150 (MQ=255) tgtATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGc < 2:4587366/150‑1 (MQ=255) gtATACCTCTGGATGCGGTTGGGGCGGACGTGCTTCGGCGCTTGCGGGTGGGTTTTAAGTTCTGCGGGCGGCGGGGGGCTGGGGTGTGCCGGGCTTTGTTGGCGCCGGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCGAAGGCCACGACGcc < 1:882013/150‑1 (MQ=255) gtATACCTCAGGATGCGCTCGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGcc < 2:2297758/150‑1 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCTCGCCCGCGAAgaa < 1:4342630/135‑3 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATc > 2:427399/1‑150 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATc > 2:110981/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCa > 2:2891631/1‑150 (MQ=255) aGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCaga > 2:3938256/1‑150 (MQ=255) aGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCaga > 1:5600289/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGTCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGc > 1:1097320/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGc > 1:571305/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGAGATCAGAGc > 2:4067858/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGGTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGc > 2:3168231/1‑150 (MQ=255) tGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCgg > 1:605073/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGGGGCTGACGAGCTTCGGCGGTTGCGGGTGCGGTTTAAGTTCAGCCGGCGGGGGTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCggg < 2:3088880/150‑1 (MQ=255) tggggCTGACGAGCTTGGGGGGTTGGGGGTGGGTTTGTTGTTCTGCGGGGGGCGCTGGGCTGGGTTGAGCGGGGCATATATCGAGACGGGTTTAGCTTCTGCGGGGGCGCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAg < 2:221426/149‑1 (MQ=255) aGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAg > 2:1248960/1‑150 (MQ=255) gggCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGa > 1:1676831/1‑150 (MQ=255) 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tCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGc > 1:1332133/1‑150 (MQ=255) gcTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGt > 1:1094583/1‑150 (MQ=255) gttGCGGGTGCGTTTGAAGTTCCGCCGGGGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGAACGCGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTc < 2:166860/149‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTcc > 1:4383576/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCGGGGCGGCGGTGCGCCGGGCATAGACCGCGCCCGGGTTAGCTTCTGCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTcc < 2:1022136/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGc > 2:4969283/1‑150 (MQ=255) gCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGTTTCGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATccc < 2:1749690/150‑1 (MQ=255) cGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACGGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCt < 2:4126850/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTg > 1:1614463/1‑150 (MQ=255) aaGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATaa < 2:5050884/150‑1 (MQ=255) 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agaCCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCCCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCACGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTg > 1:827699/1‑150 (MQ=255) gcccGGGTTAGCGTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGACACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGa < 2:5136331/148‑1 (MQ=255) gaCCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGa > 2:1386210/1‑150 (MQ=255) gaCCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGa > 1:409315/1‑150 (MQ=255) cccGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGAc < 2:2779310/149‑1 (MQ=255) ggggTTCGCTTCTTCGGGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAg < 2:2446498/149‑1 (MQ=255) cGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAg > 1:2218520/1‑150 (MQ=255) cGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAg > 1:2325002/1‑150 (MQ=255) gggTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAgg > 1:5551662/1‑150 (MQ=255) tgCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatcat < 1:5579095/149‑1 (MQ=255) ggccttcGCGGGCTCGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGAtcatca > 1:1815692/4‑150 (MQ=255) ttcttcGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCGTCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAg > 1:2308684/1‑150 (MQ=255) ttcttcGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAg > 2:5623455/1‑150 (MQ=255) cttcGCGGGCTCGCCCGCGAAGACCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCt > 2:368736/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 2:3614280/1‑150 (MQ=255) 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gCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACt > 1:2135612/1‑150 (MQ=255) gAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGAGGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTg > 2:4773920/1‑150 (MQ=255) | GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTG > NC_002947/1630050‑1630347 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |