| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,779,412 | G→T | 7.0% | S535I (AGT→ATT) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,779,412 | 0 | G | T | 7.0% | 840.3 / 36.1 | 252 | S535I (AGT→ATT) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/115); new base T (3/15); total (122/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GAAGCTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTG > NC_002947/1779263‑1779561 | gaagCTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAg < 1:4111820/150‑1 (MQ=255) cTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTAcc > 1:2590277/1‑150 (MQ=255) tCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCg > 1:2788724/1‑150 (MQ=255) gAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGAc < 2:796153/150‑1 (MQ=255) aGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACa < 2:458351/150‑1 (MQ=255) gCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACat > 1:5195301/1‑150 (MQ=255) cATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatc < 2:3901007/150‑2 (MQ=255) atatTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGTCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatca < 1:449322/150‑3 (MQ=255) atatTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACatga < 2:3746863/150‑1 (MQ=255) atatTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACatga < 2:2233218/150‑1 (MQ=255) atatTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatca < 1:801070/150‑3 (MQ=255) ataaTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCATCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatca < 2:2512710/150‑3 (MQ=255) tatTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACatgat < 2:780413/150‑1 (MQ=255) tttCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatcagta < 2:898315/150‑6 (MQ=255) ttCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGaa < 2:4468515/150‑1 (MQ=255) ttCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGaa < 2:5381083/150‑1 (MQ=255) ttCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGaa < 2:428829/150‑1 (MQ=255) cccAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGa > 1:129773/1‑150 (MQ=255) 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ggAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGaacaac > 2:2475601/1‑150 (MQ=255) ggAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGaacaac > 2:4123342/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGatat > 2:2676034/1‑150 (MQ=255) tCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATc > 1:1227344/1‑150 (MQ=255) tGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCga > 1:1541379/1‑150 (MQ=255) tGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCga < 2:3473600/150‑1 (MQ=255) ggggTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCgag < 1:541663/150‑1 (MQ=255) ggggTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCgag < 2:20603/150‑1 (MQ=255) ggTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGagag > 2:54461/1‑150 (MQ=255) gATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATctgct > 2:3820511/1‑125 (MQ=255) tGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAAccc > 1:2466836/1‑150 (MQ=255) tCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTGGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTc < 1:5401648/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTc < 2:1978758/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCa < 2:2590277/150‑1 (MQ=255) gTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACg > 1:3159331/1‑150 (MQ=255) 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gTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTg < 1:2906027/150‑1 (MQ=255) | GAAGCTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTG > NC_002947/1779263‑1779561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |