Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,779,413 | T→G | 7.0% | S535R (AGT→AGG) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,779,413 | 0 | T | G | 7.0% | 860.4 / 38.8 | 255 | S535R (AGT→AGG) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/117); new base G (3/15); total (123/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGC > NC_002947/1779267‑1779562 | cTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTAcc < 2:3333267/150‑1 (MQ=255) cTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTAcc < 2:1729405/150‑1 (MQ=255) cTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTAcc > 1:2590277/1‑150 (MQ=255) 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aacaacGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTgg < 1:92487/150‑1 (MQ=255) aacaacGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTgg > 2:2772120/1‑150 (MQ=255) acaacGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTggg > 1:1441016/1‑150 (MQ=255) aacGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatca > 2:1370001/1‑125 (MQ=255) aacGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTACTGACCGACatca < 1:1370001/127‑3 (MQ=255) cGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGaa < 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tGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAAccc > 1:2466836/1‑150 (MQ=255) cGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCa < 2:2590277/150‑1 (MQ=255) ggTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCAc < 1:4307444/150‑1 (MQ=255) gTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACg > 1:3159331/1‑150 (MQ=255) tCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGc < 2:3922998/150‑1 (MQ=255) 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tACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGc > 2:1668775/1‑150 (MQ=255) | CTCGAGCATATTTCCCAGCTTCCGCCCAACAACGGAAGTCAGCACAGCGGTTTCTTCGAAACTGAATTTGTGCAGCGGGCCGATGGTTCTGTTTTGGCGACGTGCCGCTGGAACCCAGGAGATTCTGGGGTACTGATGTCGGTCAGTACCGACATGATGAAGACCTGGACGCCTTGGGTGAACTACCTGGCGTTGGCTCCTTCTTCGTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGC > NC_002947/1779267‑1779562 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |