| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,930,711 | T→A | 7.7% | intergenic (‑19/+81) | PP_1725 ← / ← PP_1726 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,930,711 | 0 | T | A | 7.7% | 395.0 / 3.8 | 140 | intergenic (‑19/+81) | PP_1725/PP_1726 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/87); new base A (11/3); total (49/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCAGGC > NC_002947/1930562‑1930860 | gcgcggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCt < 2:5054079/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 1:3805988/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:710359/150‑1 (MQ=255) 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ccATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑gg < 1:1861037/150‑1 (MQ=255) cATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTTAAAACGCTCCTACATGTATAGCGTATCCCGGTGTTGTTGC‑ggg > 2:601128/1‑150 (MQ=255) cATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑ggg < 2:4363032/150‑1 (MQ=255) cATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑ggg < 2:4362819/150‑1 (MQ=255) cATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑ggg < 2:389904/150‑1 (MQ=255) 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cgc‑gGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGa < 2:2937399/150‑1 (MQ=255) cgc‑gGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGa < 2:2598604/150‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGt > 1:3827462/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAGGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGt < 2:2360044/150‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTgg > 2:4987947/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTgg > 2:4988004/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCt > 1:287435/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTcc > 1:2208725/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTcc > 2:1254590/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTcc > 1:4317384/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:982932/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:2605806/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:4629201/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:3064844/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:3686095/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTccc > 1:1162193/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCa < 2:3130909/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCAg > 2:27266/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCAg > 1:1400259/1‑150 (MQ=255) tCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCAGGc > 1:2378100/1‑150 (MQ=255) | GCGCGGTCGGCCTCGACGTAGGCGTGCAGGTGGCCCATCGCATGGTGGGCGACCTGATAGTTGAGGCCGTCGAGCAGGACCAGGATGACGTTGTGTTGCATGTTTTCTCCAGTCATGAACCGCGTTGGCACCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACATGTATCGCGTATCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGATCAGGCACTACAAAGCCCAGCCCCTTACTCCATCTCGATGATCACCTGCTCCTGCCACATCTGCGGCAGTTTCTTCGAGGTGGCTTCCCAGGC > NC_002947/1930562‑1930860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |