| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,044,006 | C→T | 5.2% | D156N (GAC→AAC) | rffE ← | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,044,006 | 0 | C | T | 5.2% | 1046.7 / 28.5 | 323 | D156N (GAC→AAC) | rffE | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/158); new base T (11/6); total (159/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAGCCGC > NC_002947/2043857‑2044153 | cGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgc < 2:2343261/150‑1 (MQ=255) gCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc > 2:2454330/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgcg > 1:4190896/1‑150 (MQ=255) 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ggTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTgg < 1:1332093/150‑1 (MQ=255) tAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCa < 2:1316533/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTgg > 1:1095875/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTggg > 1:4527607/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTggg > 2:1898031/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGgc > 2:3430680/1‑150 (MQ=255) tggcGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCGACAACCTGTTGCGCGaa > 1:3409772/1‑130 (MQ=255) tggcGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGt < 1:4966305/150‑1 (MQ=255) ggcGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTg < 2:382250/150‑1 (MQ=255) cGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCa < 1:4226873/150‑1 (MQ=255) 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cacctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGAt > 2:802677/5‑150 (MQ=255) cTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGAttt < 1:2475636/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATATAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTg > 2:1047883/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTg > 2:935515/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTg > 2:2360499/1‑150 (MQ=255) ctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTg > 1:5346719/2‑150 (MQ=255) tCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGc < 1:3479147/150‑1 (MQ=255) cgcgCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCt < 2:2535935/150‑1 (MQ=255) cgcgCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCt < 1:5298477/150‑1 (MQ=255) cgcgCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCt < 1:2404346/150‑1 (MQ=255) gcgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGgttgtt < 2:2587698/108‑1 (MQ=255) gcgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTg > 2:3981095/1‑150 (MQ=255) gcgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTg < 1:3047952/150‑1 (MQ=255) cgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTgg < 2:858134/150‑1 (MQ=255) gcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGgt > 2:1789267/1‑150 (MQ=255) cAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGgta > 2:2893135/1‑150 (MQ=255) cctGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAgc > 2:2769181/3‑150 (MQ=255) ttGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAgcc > 1:3523414/1‑150 (MQ=255) tGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAgccg < 1:3430565/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAgccgc < 2:1118272/150‑1 (MQ=255) | CTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAGCCGC > NC_002947/2043857‑2044153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |