| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,106,378 | G→C | 5.3% | T135T (ACG→ACC) | msrC → | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,106,378 | 0 | G | C | 5.3% | 780.4 / 23.2 | 228 | T135T (ACG→ACC) | msrC | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/101); new base C (2/10); total (117/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCGGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAA > NC_002947/2106229‑2106527 | cggcggCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACgg > 2:2327621/1‑150 (MQ=255) cAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGc < 2:576525/150‑1 (MQ=255) aaCGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCg > 2:1732957/1‑150 (MQ=255) 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aGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACCGTCGGGCTGTCCa < 1:4912721/132‑1 (MQ=255) ggATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTggg > 1:508489/1‑150 (MQ=255) gATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTgggg > 1:3748794/1‑150 (MQ=255) gATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTgggg > 1:2752204/1‑150 (MQ=255) aTGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGc < 1:814766/150‑1 (MQ=255) 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gACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGt > 1:3687987/1‑150 (MQ=255) | GCGGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAA > NC_002947/2106229‑2106527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |