| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,278,062 | C→G | 13.3% | intergenic (+35/+256) | PP_2003 → / ← PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,278,062 | 0 | C | G | 13.3% | 520.8 / 61.0 | 173 | intergenic (+35/+256) | PP_2003/PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/90); new base G (12/11); total (72/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAA > NC_002947/2277915‑2278211 | cGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCcgc < 1:5316208/150‑1 (MQ=255)cGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCcgc > 2:4017991/1‑150 (MQ=255) tggtggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGaa > 2:1590402/1‑150 (MQ=255) 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gtggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATCCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACACTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAg > 1:4441140/1‑150 (MQ=255) tggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAgg < 1:643690/150‑1 (MQ=255) tggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAgg < 1:3674360/150‑1 (MQ=255) tggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCGTTCGCCGGCAGCCCCCGAAAgg > 1:3820678/1‑150 (MQ=255) gATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAgggt < 1:833268/150‑2 (MQ=255) 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gggTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCt < 1:467309/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATcc < 2:2897137/150‑1 (MQ=255) cTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATccc < 1:3255848/150‑1 (MQ=255) tgtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATcccc < 2:2023879/150‑1 (MQ=255) tgtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATcccc < 2:2850236/150‑1 (MQ=255) 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cGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAg > 1:3598137/1‑150 (MQ=255) cGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAg > 1:3301521/1‑150 (MQ=255) cGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAg > 1:267273/1‑150 (MQ=255) gACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATACCCTGTAACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTCAACAACTGCTACGTATACCACTCATAAGCTTTTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAgg > 2:150948/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGc < 1:1439153/150‑1 (MQ=255) 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tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 1:236567/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAt > 2:5366597/1‑68 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAt < 1:5366597/68‑1 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCTTCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa < 2:3338364/150‑1 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 2:3101595/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 2:293188/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 1:3412347/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa < 2:3088948/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCt < 1:1155735/83‑1 (MQ=37) ttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATAc < 2:1686824/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGc < 1:1736548/130‑1 (MQ=255) cgcgGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGc > 2:1736548/1‑130 (MQ=255) gCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACaaa < 2:692087/150‑1 (MQ=255) gCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACaaa < 2:692580/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCaa > 1:411997/1‑150 (MQ=255) | CGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAA > NC_002947/2277915‑2278211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |