Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,300,766 | T→G | 5.5% | intergenic (+20/+113) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,300,766 | 0 | T | G | 5.5% | 871.4 / 25.3 | 259 | intergenic (+20/+113) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/142); new base G (11/4); total (113/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAA > NC_002947/2300618‑2300912 | tCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTT < 2:1996612‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGT < 1:1191022‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGT < 1:3538469‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGT < 1:344566‑M1/150‑1 (MQ=255) gTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTG < 1:4863455‑M1/150‑1 (MQ=255) gTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGaa < 1:5205151‑M1/150‑3 (MQ=255) gTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCGGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGA > 1:5545573‑M1/1‑150 (MQ=255) aCTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGC > 1:600404‑M1/1‑150 (MQ=255) 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catgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAac > 2:2826240/1‑150 (MQ=255) agcagcAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCaga < 1:4968960/150‑1 (MQ=255) agcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGcc > 1:1853482/1‑150 (MQ=255) gcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCg < 2:4766693/150‑1 (MQ=255) caAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtg > 1:3039534‑M1/1‑135 (MQ=255) aaGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt < 2:4324143/150‑1 (MQ=255) gCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGcc < 2:1925942/150‑1 (MQ=255) ttCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAt > 2:3839429/1‑150 (MQ=255) tGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCa < 1:1704208/150‑1 (MQ=255) tGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCAAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGATTGTGTGAGGTCCTTGTGGGTGCGGGCAGGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCa < 1:1979165/150‑1 (MQ=255) 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ctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgGGTCCGTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg > 2:416896‑M1/77‑150 (MQ=255) cgcAGTACCTGCGCCAGCGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgg < 2:4541058‑M1/149‑45 (MQ=255) aGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgg < 2:4045018‑M1/150‑45 (MQ=255) aGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAgcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgg < 1:4565755‑M1/150‑45 (MQ=255) aGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCttcgcgg > 2:3568319‑M2/1‑143 (MQ=255) 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aaGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTGCGCGGGCATGGCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTTAtaa > 1:1139808/1‑148 (MQ=255) gCACCACCCCTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 2:1196028/150‑1 (MQ=255) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGc < 1:5620233/150‑1 (MQ=255) caccaccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCCCCCGGAACCAGTTGCAGCCCGAGTGTTAATcctgg > 1:2106492/1‑146 (MQ=25) ccaccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGa < 2:376227/150‑1 (MQ=255) ccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAAGTGCAGCCCGAGGTTTAATCAGCGGAACa > 1:4064381/1‑150 (MQ=255) cTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGa > 1:4985908/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTg > 1:4185214/1‑150 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCAAGATTTCCGTg > 1:1814872/1‑150 (MQ=255) ttGTGTGTGGTCGTTGTGGGTGCGGGCTGGCCCGCGAACCCCGGCTGAGCGGGGGCCACCCCCCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa < 1:51900/150‑1 (MQ=37) 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GTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAAGTGCCGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGa < 1:2748571‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCTTGTGGGAGCGGGCAGGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGaa > 2:1961807‑M1/1‑150 (MQ=255) | TCGGTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAA > NC_002947/2300618‑2300912 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |