| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,392,187 | C→G | 6.4% | intergenic (‑92/‑46) | PP_2094 ← / → pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,392,187 | 0 | C | G | 6.4% | 732.9 / 30.4 | 217 | intergenic (‑92/‑46) | PP_2094/pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/92); new base G (2/12); total (113/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GGCGCGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTCAACG > NC_002947/2392040‑2392335 | ggCGCGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCgcgc > 1:4603801/1‑150 (MQ=255)ggCGCGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCgcgc > 2:234936/1‑150 (MQ=255)ggCGCGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCgcgc > 1:1769476/1‑150 (MQ=255) gcgcGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCt > 2:1890460/1‑150 (MQ=255) gcgTCGCCGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCCCGGGGTACAGTGTTCACAAGCGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTgg < 1:4156383/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGCCGTTGACTCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGca < 2:444707/150‑2 (MQ=255) gTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGca < 1:2033673/150‑2 (MQ=255) tCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcag < 1:4295509/150‑3 (MQ=255) tCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCta > 1:2052841/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcagga < 2:1430561/150‑5 (MQ=255) gCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCtcta > 2:3737801/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTACCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcagga < 2:931442/150‑5 (MQ=255) cTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATaa < 1:654466/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTCTAAt > 2:694378/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCACGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATc < 2:4774534/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATc < 2:2002659/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATc > 2:5504158/1‑150 (MQ=255) gTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGcc < 2:1257768/150‑1 (MQ=255) caggccaggGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCctcac < 2:2310117/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGa < 1:2554045/150‑1 (MQ=255) gTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGcc > 2:1102802/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCtt > 2:3758300/1‑150 (MQ=255) ctaggggTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTgc > 1:4893677/4‑150 (MQ=255) 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gtgtTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGta < 1:1575180/150‑1 (MQ=255) gtgtTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGta > 2:955032/1‑150 (MQ=255) ttCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATAc < 2:1680201/150‑1 (MQ=255) cacaAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATAccc < 1:2273687/150‑1 (MQ=255) acaAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCt > 1:1294015/1‑150 (MQ=255) 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aaGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGAcc > 2:5119586/1‑150 (MQ=255) aGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCt > 2:4469663/1‑150 (MQ=255) cgcTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGa < 1:996733/150‑1 (MQ=255) cTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATc < 2:349255/150‑1 (MQ=255) cTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATc < 1:2290866/150‑1 (MQ=255) cACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGgc > 2:4994318/1‑150 (MQ=255) cACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGgc < 2:4893677/150‑1 (MQ=255) cGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGgcgc < 2:1924593/150‑1 (MQ=255) tttGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCgg < 2:2093233/150‑1 (MQ=255) gCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTgg < 1:4792557/150‑1 (MQ=255) tGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGcc > 1:4143099/1‑150 (MQ=255) atagCCAGCGCGGGGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGtt > 2:1370651/4‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGttt < 1:3214169/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGttt > 1:2190873/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTg < 1:3737801/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTgg < 1:4172510/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCaa < 2:1617754/87‑1 (MQ=255) ccAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTggg < 1:2929030/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTggg < 1:5446067/150‑1 (MQ=255) ccccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTc > 1:923743/1‑150 (MQ=255) ccccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTc > 1:5094028/1‑150 (MQ=255) cccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGt > 1:5304406/1‑134 (MQ=255) cccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGt < 2:5304406/134‑1 (MQ=255) cccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTCa > 1:5584509/1‑150 (MQ=255) cccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTCa > 1:2708188/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTCaa < 2:1876800/150‑1 (MQ=255) | GGCGCGTCGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTCAACG > NC_002947/2392040‑2392335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |