Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,430,856 | T→G | 9.2% | E33D (GAA→GAC) | PP_2126 ← | LuxR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,430,856 | 0 | T | G | 9.2% | 566.2 / 10.3 | 223 | E33D (GAA→GAC) | PP_2126 | LuxR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/105); new base G (25/2); total (116/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACA > NC_002947/2430707‑2431005 | tcaccagtCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCGGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCAGGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCt > 2:2966631/8‑150 (MQ=255) gACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCt > 2:2712069/1‑150 (MQ=255) aCAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCtt > 1:3692649/1‑150 (MQ=255) gATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGcc < 2:3546953/150‑1 (MQ=255) aTCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCg < 2:1095531/150‑1 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTAGCCGa > 1:17987/1‑150 (MQ=255) catcACCTTTCATGTTCTTCCGCCGGCCCGGCGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGAc < 1:312317/147‑1 (MQ=255) cAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGAc < 2:3820923/150‑1 (MQ=255) gCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGAAGCCGAcga < 1:419228/150‑3 (MQ=255) cACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCAc < 1:5460572/150‑1 (MQ=255) tttGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTCAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTc < 2:3326181/150‑1 (MQ=255) tttGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGCCCACGTc > 2:4954772/1‑150 (MQ=255) cAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAg > 2:2940607/1‑150 (MQ=255) aGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGc > 1:2740695/1‑150 (MQ=255) aGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGGCGCCGACCCCGGCATAGc > 2:5404894/1‑150 (MQ=255) gTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCg < 1:1687103/150‑1 (MQ=255) tACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCgg < 2:194165/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGCCGACCACCTCATATCCGGGGa > 1:5617152/1‑150 (MQ=255) 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ggCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCa < 2:4525446/150‑1 (MQ=255) cccGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGa < 2:3291997/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGAc > 2:3601612/1‑150 (MQ=255) ccGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATAACGCAGAc > 2:883668/1‑150 (MQ=255) cGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGAcc > 2:833101/1‑150 (MQ=255) cGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCCACCACCTCAAATCCGGGGATATAGCAAAcc > 1:3040121/1‑150 (MQ=255) gCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCa > 2:5358588/1‑150 (MQ=255) aGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGt < 1:4508764/150‑1 (MQ=255) tGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGcc < 1:138911/150‑1 (MQ=255) gggTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTGGCCGACCACCTAATAGCCGGGGTTATCGCACACCCCTGccc > 1:1060644/1‑150 (MQ=255) tAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 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gAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTAGCCGACCACCGCAAACCCCGGGGTATAGCAGACCACTGCCCCCACCCCCGCGCGGCTAAGCGAGTgg > 1:3515953/1‑150 (MQ=255) gAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCCGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTgg < 2:617141/150‑1 (MQ=255) aaCGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCCACCACCTCAAAGCCGGGGATATAGCAGACCACTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGAGGt > 2:3284095/1‑150 (MQ=255) gCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCAt < 2:2764564/150‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCt > 2:1815767/1‑150 (MQ=255) 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ccAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTa > 2:2674490/1‑150 (MQ=255) tgtgCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATaa > 2:2658135/1‑149 (MQ=255) gtgCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGGGCCCGCCCCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGGCATCTACCCGCCGTAGTCTACACGTCCTGGTTGGTAATAca > 2:4316669/1‑149 (MQ=255) tgCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTc < 1:861277/150‑1 (MQ=255) cGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCt < 1:4086063/150‑1 (MQ=255) 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tcgtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCAtggttgg < 1:5085886/113‑1 (MQ=255) tcgtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCAtggttgg > 2:5085886/1‑113 (MQ=255) tcgtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGGTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCa > 2:1579289/1‑150 (MQ=255) gtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACg > 2:4094628/1‑150 (MQ=255) gtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACg < 1:2488452/150‑1 (MQ=255) gtcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACg > 1:1532205/1‑150 (MQ=255) tcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACgg < 1:282167/150‑1 (MQ=255) tcgGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACgg > 2:865466/1‑150 (MQ=255) ggCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGa > 1:5284947/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACa > 1:2297134/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACa < 1:3300657/150‑1 (MQ=255) | GACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACA > NC_002947/2430707‑2431005 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |