| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,467,922 | T→A | 5.7% | L229Q (CTG→CAG) | lolD → | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,467,922 | 0 | T | A | 5.7% | 751.0 / 21.2 | 244 | L229Q (CTG→CAG) | lolD | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/130); new base A (6/9); total (105/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTCA > NC_002947/2467775‑2468071 | gTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtgg > 1:5068182/1‑150 (MQ=255) aaCCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCGGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggtg < 1:3269176/150‑1 (MQ=255) aaCCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggtg < 1:3614012/150‑1 (MQ=255) ccTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGc > 2:2284121/1‑150 (MQ=255) cTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGcc < 1:3014578/150‑1 (MQ=255) cGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCAt < 1:4356536/150‑1 (MQ=255) gACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATc > 1:3964645/1‑150 (MQ=255) gACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATc < 2:5582609/150‑1 (MQ=255) caccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATcgtc < 2:1548371/150‑4 (MQ=255) accaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCCTTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGCCCGTGTGCTGACGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGag > 2:3385833/1‑149 (MQ=255) ccaTACCGCCCACGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCttcga < 1:278416/150‑5 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATc < 2:2611057/150‑1 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATc > 1:1816435/1‑150 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATc < 1:2660319/150‑1 (MQ=255) caTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCg > 2:573221/1‑150 (MQ=255) ccGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACTACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACAGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCAACTg > 1:2242831/1‑150 (MQ=255) gCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCTACTGcc > 1:4088166/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCgg < 1:1081322/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gaTGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc > 2:4622827/1‑150 (MQ=255) aTGGCCACCAGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCt < 2:803572/60‑1 (MQ=255) tGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAt < 1:3483281/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAt < 2:330609/150‑1 (MQ=255) ggCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCGACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtc < 2:2017746/150‑1 (MQ=255) ccACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCTGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATATTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtctc < 1:4408016/150‑1 (MQ=255) cACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCg < 2:1126019/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTc > 2:3570126/1‑150 (MQ=255) tggtggCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTCa > 1:1163596/1‑150 (MQ=255) tggtggCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTCa > 1:2008204/1‑150 (MQ=255) tggtggCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTCa < 1:2389206/150‑1 (MQ=255) | GTAACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCGTTCA > NC_002947/2467775‑2468071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |