| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,480,275 | C→A | 6.7% | intergenic (‑82/+75) | tal ← / ← dusA | transaldolase/tRNA dihydrouridine synthase DusA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,480,275 | 0 | C | A | 6.7% | 800.5 / 33.5 | 238 | intergenic (‑82/+75) | tal/dusA | transaldolase/tRNA dihydrouridine synthase DusA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/105); new base A (12/4); total (129/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
GCGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAATGTCTGCCGA > NC_002947/2480126‑2480424 | gCGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGAccc > 1:4395542/1‑150 (MQ=255)gCGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGAccc > 1:341195/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCggg > 1:3169770/1‑150 (MQ=255) tCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCg > 1:1520725/1‑150 (MQ=255) cccGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGca < 2:2518244/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCGGGTCCGcagg < 1:4619863/150‑3 (MQ=255) cGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGcaca < 1:2330667/150‑1 (MQ=255) tgtCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAggg < 2:3887901/150‑1 (MQ=255) tCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCt > 1:167258/1‑150 (MQ=255) cGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTg < 1:608044/150‑1 (MQ=255) cGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTg < 1:2031384/150‑1 (MQ=255) ggCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCGGGTCCGcag < 1:59724/142‑2 (MQ=255) gCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTa > 1:4671619/1‑150 (MQ=255) ccACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGaa > 1:1027531/1‑150 (MQ=255) ccACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGaa < 1:5091326/150‑1 (MQ=255) ccACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGaa < 1:2263149/150‑1 (MQ=255) cACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGaaa > 2:270680/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAg > 1:700519/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |