Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,825,590 | G→C | 6.8% | intergenic (+399/+113) | PP_2473 → / ← PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,825,590 | 0 | G | C | 6.8% | 744.3 / 33.2 | 222 | intergenic (+399/+113) | PP_2473/PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/111); new base C (7/8); total (103/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTAACT > NC_002947/2825442‑2825738 | tATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGaa < 1:1012027/150‑1 (MQ=255) aTTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAAc > 2:2156115/1‑150 (MQ=255) aaGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGACAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCgg < 1:804077/150‑1 (MQ=255) 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aTGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt < 2:1452413/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGttttt < 1:212044/150‑2 (MQ=255) gCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGtttttg < 1:2031618/150‑3 (MQ=255) gCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCg < 1:4442992/150‑1 (MQ=255) ccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGttttgctt < 1:5287387/150‑5 (MQ=255) 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TTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGTAACT > NC_002947/2825442‑2825738 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |