| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,878,749 | G→T | 8.4% | intergenic (+63/+19) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,878,749 | 0 | G | T | 8.4% | 536.4 / 30.9 | 177 | intergenic (+63/+19) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/56); new base T (4/11); total (109/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AGTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCA > NC_002947/2878601‑2878895 | aGTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTgcgc < 2:4506934/150‑1 (MQ=255)aGTGCATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTgcgc < 2:4489000/150‑1 (MQ=255) gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca < 1:37524/150‑1 (MQ=255) gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca > 1:4258988/1‑150 (MQ=255) gTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgca > 2:1056128/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCCGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:3621411/1‑150 (MQ=255) tGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:4325070/1‑150 (MQ=255) gccaTGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcag > 2:739407/4‑150 (MQ=255) gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 1:2408629/150‑1 (MQ=255) aTGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGcagcag < 1:5083089/150‑1 (MQ=255) tGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc < 1:3674086/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCTGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCa > 1:1840081/1‑150 (MQ=255) aGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCaa < 1:2190705/150‑1 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCatc < 1:5446803/150‑3 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAAc < 2:311472/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCTTTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACg < 2:3390074/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 2:2381944/150‑3 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 2:1871107/150‑3 (MQ=255) ggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGCGCAGCCCATCgca < 2:1871088/150‑3 (MQ=255) gcgcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGcc > 1:4036506/1‑150 (MQ=255) cTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACg > 1:4182374/1‑150 (MQ=255) tcccggTCGCCACGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGc > 1:271757/5‑150 (MQ=255) cccggTCGCCACGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGcc > 2:701294/4‑150 (MQ=255) 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gTCCCGGCTGGCGGTGGCTTGCCTGGGATGGGCTGCGCAGCTGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAAGACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCca < 2:2830208/150‑1 (MQ=255) catcgCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCcagc > 1:1287370/5‑150 (MQ=255) ccTGCCGGGGGTGGGGGGCCTGCGTGGGGGTGCGCACCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCcagca < 1:3437797/150‑1 (MQ=255) attGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCACACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCcagca > 2:3052027/3‑150 (MQ=255) cTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGTGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCcagcag > 2:352907/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGcc > 1:3862945/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGccc > 1:4379761/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCt > 1:262233/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTg > 1:3293954/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCCTGCTTTGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGc < 1:2791936/150‑1 (MQ=255) 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tGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAg > 1:2871004/1‑150 (MQ=255) gttggggCTGCGCAGCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGaa < 1:4386183/146‑1 (MQ=255) ggttGGGGTGCGCAGCACCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGaa < 1:3328087/147‑1 (MQ=255) gttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATAcc < 1:3040358/139‑1 (MQ=255) gttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAAc > 2:3561540/3‑150 (MQ=255) 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tGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCa > 1:1262497/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCa > 1:1025011/1‑150 (MQ=255) | AGTGGATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCA > NC_002947/2878601‑2878895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |