| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 277,234 | 0 | G | T | 5.6% | 731.3 / 23.5 | 216 | intergenic (‑67/+30) | PP_0223/PP_0224 | DszC family monooxygenase/DszC family monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/91); new base T (10/2); total (123/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CGGCCAGGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTC > NC_002947/277086‑277383 | cGGCCTGGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCTTGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATggg < 1:3577625/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCt > 2:3317654/1‑150 (MQ=255) cAGGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGc > 1:293354/1‑150 (MQ=255) 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tatTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATc < 2:3882249/150‑1 (MQ=255) atTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCATAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCa < 2:5055348/150‑1 (MQ=255) tttGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAg > 2:2654367/1‑150 (MQ=255) gTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATc > 2:4546319/1‑150 (MQ=255) aGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCa < 2:2886103/150‑1 (MQ=255) 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aGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCgg < 2:5495976/150‑1 (MQ=255) gCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCggg < 1:3779759/150‑1 (MQ=255) aCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCAt > 1:1988054/1‑150 (MQ=255) ccttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCAtt < 1:4297858‑M2/135‑1 (MQ=255) ccttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCAtt > 1:253819‑M2/16‑150 (MQ=255) ccttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCAtt < 1:931059‑M2/135‑1 (MQ=255) ccttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCAtt > 2:3920676‑M2/16‑150 (MQ=255) ttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTc > 2:4158027‑M2/14‑150 (MQ=255) ttgtgtcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTc > 1:1002525‑M2/14‑150 (MQ=255) tcgcgatgTGCCGCAAAGC‑G‑GCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGt > 2:4072429‑M2/9‑150 (MQ=255) tcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAg > 1:5212815‑M2/9‑150 (MQ=255) tcgcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAg > 2:3119349‑M2/9‑150 (MQ=255) gcgatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTg > 2:5348430‑M2/7‑150 (MQ=255) ctgggGGCTGCTTTGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTgg > 2:4818340‑M2/6‑150 (MQ=255) tgggGGCTGCTTTGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGc > 2:4249998‑M2/5‑150 (MQ=255) gatgGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGc > 2:1849753‑M2/5‑150 (MQ=255) ggCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTc < 1:333173/150‑1 (MQ=255) | CGGCCAGGGCTTGGGCATCGCTGGTGATGATATTTGTAGTCATGTTGTTCTCCGGGGCCATTGGGGCCGCTTTGCGGCACATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAAACTGCGCTCTACTTGTGGGAGCGACCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAG‑CCCCCAGGGCCCGCAAATCAGATCCAGGAATGCCGCGCAGGCAGGGTGCCGTTAAGGTGGTAAGCGCCCACCGCGTGGTACTTCCAGCGCACCGGGTCGTGCAGGGTGTGCACCCGGGCATTTCGCCAGTGGCGGTC > NC_002947/277086‑277383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |