| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,065,812 | A→T | 5.2% | intergenic (+186/+20) | exaE → / ← PP_2673 | transcriptional regulator ExaE/pentapeptide repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,065,812 | 0 | A | T | 5.2% | 848.9 / 19.0 | 256 | intergenic (+186/+20) | exaE/PP_2673 | transcriptional regulator ExaE/pentapeptide repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/121); new base T (3/11); total (124/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GACCGCGCCCAACGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTG > NC_002947/3065664‑3065960 | gACCGCGCCCAACGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaa > 1:3352067/1‑150 (MQ=255) ccAACGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGcc > 1:3723370/1‑150 (MQ=255) cAACGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCcgcgaaa < 1:2631753/150‑4 (MQ=255) aaCGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCcgcgaaag < 1:2112495/150‑5 (MQ=255) aaCGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGccaa > 1:3449789/1‑148 (MQ=255) aaCGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTa > 2:3672616/1‑150 (MQ=255) aaCGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAATAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTa < 1:1623040/150‑1 (MQ=255) aaCGGAATGTATCCACCCCCCGACATGTGTCCACCCCCGAATCACGCGTAGGAGCGGGTTTTCCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCCACGGTGACTAGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTCAACCCGCGCCtc > 2:4036860/1‑149 (MQ=21) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |