| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,313,102 | G→T | 5.2% | S106I (AGC→ATC) | csiD → | carbon starvation induced protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,313,102 | 0 | G | T | 5.2% | 880.3 / 25.5 | 258 | S106I (AGC→ATC) | csiD | carbon starvation induced protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/133); new base T (5/9); total (116/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
ATTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCACCGG > NC_002947/3312953‑3313250 | ttGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGc < 2:3397278/150‑1 (MQ=255) gTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGc < 1:3857853/150‑1 (MQ=255) gTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGc < 2:2759004/150‑1 (MQ=255) 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aaGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGaa < 2:2100327/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGaa < 1:3932208/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGa < 2:3418391/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGa > 1:2196579/1‑150 (MQ=255) gTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGa > 2:5624992/1‑150 (MQ=255) 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> 2:1198897/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGtt < 2:3703236/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTc < 1:4445950/150‑1 (MQ=255) gggCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCaa < 1:4786960/150‑1 (MQ=255) gggCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCaa > 1:990590/1‑150 (MQ=255) gggCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCaa > 1:923007/1‑150 (MQ=255) 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cccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAg > 1:4570560/1‑150 (MQ=255) cccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAg > 2:3374953/1‑150 (MQ=255) cccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAg > 2:3196403/1‑150 (MQ=255) ccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGa < 2:1761061/97‑1 (MQ=255) ccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGa > 1:1761061/1‑97 (MQ=255) ccGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGc > 2:1314091/1‑150 (MQ=255) cGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCt < 1:1340358/150‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTAc > 2:2365927/2‑150 (MQ=255) ttCGGCCTGGCTCACGTCATCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTAc > 2:3089081/2‑150 (MQ=255) aTCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTAc < 2:5250490/150‑1 (MQ=255) gCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACGACTCCGACAGCTACCTgc < 1:5624992/150‑1 (MQ=255) ccTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTgcg > 2:1954777/1‑150 (MQ=255) tGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGcc > 1:211978/1‑150 (MQ=255) aTGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCGTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGc < 2:2731476/150‑1 (MQ=255) gTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCAc > 1:1799720/1‑150 (MQ=255) gTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCAc > 2:5508074/1‑150 (MQ=255) | ATTGGAGTACAAGTCGTTCCTGCGTTTTCGTGTAGGCGAAATCCTTGACGAGCTGTGCCAGGGCACGCTGCGTCCGGTGCTGCTCAACACCATCCTCGACCGCGCCACAGGCGGCATGCTGATTACCCCGATCGGCCTGGATGACGTGAGCCAGGCCGAAGACATGGTCAAGTTCACCACCGCCTGCGCTCACCTGATCGGCCGTTCCAACTATGACGCCATGAGTGGCCAGTTCTATGCGCGCTTCGTGGTGGTCAACAGCGACAACTCCGACAGCTACCTGCGCCAGCCGCACCGG > NC_002947/3312953‑3313250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |