| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,359,703 | T→A | 5.0% | intergenic (+89/+24) | PP_2949 → / ← PP_2950 | permease/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 3,359,703 | 0 | T | A | 5.0% | 740.4 / 17.2 | 213 | intergenic (+89/+24) | PP_2949/PP_2950 | permease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/102); new base A (4/7); total (104/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GATGCTGCTCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAGCC > NC_002947/3359554‑3359852 | gATGCTGCTCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAATCAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACTAATCACCTGATCCTTTATGt > 2:2644653/1‑150 (MQ=255)gATGCTGCTCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGt > 1:4666703/1‑150 (MQ=255)gATGCTGCTCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGt > 1:3547400/1‑150 (MQ=255) 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tCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGAt > 1:1013454/1‑150 (MQ=255) tCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGAt < 2:5474551/150‑1 (MQ=255) gTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATTGGGCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCa < 2:1974173/150‑1 (MQ=255) gTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCa < 1:2314955/150‑1 (MQ=255) gTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCa > 2:2848127/1‑150 (MQ=255) 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acCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAAcg > 2:2927483/1‑150 (MQ=255) cTGATCCTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAAcggc < 1:1936121/150‑1 (MQ=255) aTCCTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGt > 1:1408136/1‑150 (MQ=255) ccTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGc < 1:4723168/150‑1 (MQ=255) cTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCa > 1:5425161/1‑150 (MQ=255) tttATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCAt > 1:744933/1‑150 (MQ=255) tttATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCAt > 1:2195176/1‑150 (MQ=255) tGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAg > 1:2899331/1‑150 (MQ=255) tGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAg < 1:1274562/150‑1 (MQ=255) gTAAAATGATCAGGTTTAACCTGTCGTACAGGCCCCGTTCAGTCCGCCCTGGGTGTTCATCCGGTCGGGGACCCAGGGGCCAGTGGCACTTGGGGTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAGc < 2:5068762/150‑1 (MQ=255) gTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAGc > 2:291550/1‑150 (MQ=255) tAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCg > 2:493310/1‑62 (MQ=255) | GATGCTGCTCGTGACGCTGGGTGCTGTCATCTGTGTTTACGGGGCCAGGAAATATGCCTAAGCACAGCGACGTGCCCAGTCAAACAGCTGGGTATAGCCCCCGCCGTCTGCCCCCGGGCTTAGTTGCACAAAACACCTGATCCTTTATGTAAAAGGATCAGGTTTAACCTGACTTACAGGCCCAGTTCAGTCAGCCCTGGGTGATCATCCGGACGGCGACCCAGTGGCCAGTGGAACTTGCGCTCGCTTTCCTTGATGGGCATGTCGTTGATGCAGGCGAAACGGCGGTGCATCAAGCC > NC_002947/3359554‑3359852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |