| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,576,667 | C→G | 5.3% | P235R (CCG→CGG) ‡ | yneJ → | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,576,667 | 0 | C | G | 5.3% | 749.5 / 21.9 | 220 | P235R (CCG→CGG) ‡ | yneJ | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/96); new base G (3/9); total (115/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGAAGAAG > NC_002947/3576519‑3576816 | cGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCcgcg > 2:2190292/1‑150 (MQ=255) cTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACGTCGAACACTGGGTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCgcag < 2:64099/150‑1 (MQ=255) ttCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCgcagc < 2:1867208/150‑1 (MQ=255) ttCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCgcagc > 1:585709/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCGCGGCAGCAt < 2:3992806/150‑1 (MQ=255) gcgcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCCGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCGCGGCAGCATgg < 2:3392288/150‑2 (MQ=255) cgcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGGGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCGCGGCAGCATggc < 1:5003578/150‑3 (MQ=255) gcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCGCGGCAGCATggcc < 2:691122/150‑4 (MQ=255) 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aCTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACa < 1:2715205/150‑1 (MQ=255) gTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTTGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAata > 2:1666673/1‑150 (MQ=255) ttCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAatat > 2:4310364/1‑150 (MQ=255) ttCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAatat > 1:1471785/1‑150 (MQ=255) aTACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTc < 1:3241452/139‑1 (MQ=255) 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gCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCa < 2:2660956/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGttt < 1:688123/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGttt < 2:4772612/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGttt < 1:688193/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGttt < 2:2969188/150‑1 (MQ=255) aGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTg < 2:742918/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGa < 2:3875630/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGc < 1:2190292/150‑1 (MQ=255) gggTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCAt > 2:2925327/1‑150 (MQ=255) gggTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCAt > 2:5386688/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAg > 2:3599434/1‑64 (MQ=255) tGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGtt > 1:5079082/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTcat > 2:4909167/1‑148 (MQ=255) gCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGa > 1:2458819/1‑150 (MQ=255) cTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAg > 1:5474428/1‑150 (MQ=255) tGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAAc > 1:439837/1‑94 (MQ=255) gagcATGCTGCGCGGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGtt > 2:2473786/4‑150 (MQ=255) cATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCt > 1:2902763/1‑150 (MQ=255) gctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga < 2:2866234/150‑1 (MQ=255) gctgcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga < 1:3540835/150‑1 (MQ=255) gcCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTgaaga > 1:3077272/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGaagaag < 1:5562064/150‑1 (MQ=255) | TACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGCGCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGAAGAAG > NC_002947/3576519‑3576816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |