Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,629,136 | G→C | 5.3% | intergenic (‑92/+81) | PP_3194 ← / ← PP_3195 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,629,136 | 0 | G | C | 5.3% | 889.7 / 27.8 | 264 | intergenic (‑92/+81) | PP_3194/PP_3195 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/99); new base C (6/8); total (157/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGTGCAGGCCAGTGCCGTCGAACAGGGTGGAGCAGTGCAGGTGCAGGGCACTCATTGGTGAGCTCTCTCATCTTGGGGGTGGTGCAAGGCTAGGCTGTGGCGACTGCCCGGCACCAGCAGATGCTATTGATGGCCAGGTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTGGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGTAGTGCCCGGCATTGATGCTG > NC_002947/3628990‑3629283 | tgtgCAGGCCAGTGCCGTCGAACAGGGTGGAGCAGTGCAGGTGCAGGGCACTCATTGGTGAGCTCTCTCATCTTGGGGGTGGTGCAAGGCTAGGCTGTGGCGACTGCCCGGCACCAGCAGATGCTATTGATGGCCAGGTATCGATGGCAt < 2:1022074/150‑1 (MQ=255) gtgCAGGCCAGTGCCGTCGAACAGGGTGGAGCAGTGCAGGTGCAGGGCACTCATTGGTGAGCTCTCTCATCTTGGGGGTGGTGCAAGGCTAGGCTGTGGCGACTGCCCGGCACCAGCAGATGCTATTGATGGCCAGGTATCGATGGCATc < 1:1073694/150‑1 (MQ=255) gtgCAGGCCAGTGCCGTCGAACAGGGTGGAGCAGTGCAGGTGCAGGGCACTCATTGGTGAGCTCTCTCATCTTGGGGGTGGTGCAAGGCTAGGCTGTGGCGACTGCCCGGCACCAGCAGATGCTATTGATGGCCAGGTATCGATGGCATc < 1:2492149/150‑1 (MQ=255) 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tATTGATGGCCAGGTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTAGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGt > 2:342861/1‑150 (MQ=255) aTTGATGGCCAGGTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTGGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGTa > 2:4019782/1‑150 (MQ=255) gCCAGGTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTGGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGTAGTGCCCg < 2:480407/150‑1 (MQ=255) ccAGGTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTGGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGTAGTGCCCgg > 2:3593736/1‑150 (MQ=255) ggTATCGATGGCATCGATACCTGGCGCTCTCTGGCGCAGAAACGAGAACGGCGCCAATCGGCGCCGCCCAAGCCA‑GGGCCGGCAGCGCCGATCAGGCCGTGTGGCCGCCAAGGGTTTCGGCGATCCAGTCGGCGATGTAGTGCCCGGCAt < 2:2177402/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |