Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,664,901 | T→C | 6.9% | intergenic (‑44/+31) | PP_3223 ← / ← PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,664,901 | 0 | T | C | 6.9% | 712.0 / 27.7 | 231 | intergenic (‑44/+31) | PP_3223/PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/108); new base C (7/9); total (113/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GGCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACAA > NC_002947/3664753‑3665050 | ggCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGtt < 1:3520427/150‑1 (MQ=255) ggCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGtt > 2:3692047/1‑150 (MQ=255) gATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGCGGTGTTGTCGGCCGTCGAGCCAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCGTGGGATTGTTCCTTCAAGGTCTGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTgcgc > 2:5135099/1‑150 (MQ=255) 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atgGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCt < 2:1085549/150‑1 (MQ=255) atgGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCt < 2:3446592/150‑1 (MQ=255) tgGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCtt < 1:4699985/150‑1 (MQ=255) ggggCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTg < 1:3014936/150‑1 (MQ=255) ggggCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTg < 1:735349/150‑1 (MQ=255) ctcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTTGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc < 1:4275848/150‑1 (MQ=255) ctcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc < 1:2948428/150‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGCATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCt < 1:4793628/150‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCt > 1:643179/1‑150 (MQ=255) tcCTGGTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCCTCGGCAAACCGCTTGGACTGcg > 2:4342451/1‑149 (MQ=255) ccTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTc > 2:2670977/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCa < 2:4482848/150‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCa > 2:5296140/1‑150 (MQ=255) tGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCAt > 1:526079/1‑150 (MQ=255) tGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCAt < 1:408705/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACaa > 2:1765747/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACaa > 1:1031052/1‑150 (MQ=255) | GGCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGACAA > NC_002947/3664753‑3665050 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |