| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,951,766 | 0 | T | G | 50.0% | ‑3.8 / 10.3 | 28 | intergenic (+66/+47) | PP_2583/oguA | acetyltransferase/8‑oxoguanine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/8); new base G (6/8); total (12/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTT > NC_002947/2951634‑2951899 | aTACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGGCTgcg > 2:1740444/1‑136 (MQ=255) tGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCGCCCCCCCAAA‑GGGGGGCGCagg > 2:2574418/1‑134 (MQ=255) gAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCGCCCCAA‑GGGCGGGGCCTGcc > 2:736842/1‑136 (MQ=255) gAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGgcggcggcttcc > 2:1808772/1‑130 (MQ=255) ccgtcgccgtcgGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGACCAAA‑GGGCGGCGGATGcccgtg > 2:1605604/1‑133 (MQ=255) gccgtcgGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGGCTGCGCATGCCCttcattca > 2:2726008/1‑136 (MQ=255) cgtcgCACCCCGGCGGAAGGGCCTGCTTTGAGTTGGCATTGCCCCTTTGTGTGGACATTAATTGTTTGGGGGCGCTACCCCCTGCTTGCCTTGGTGCCAGCG‑CAGCCCAAC‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCAcc < 2:1631421/136‑1 (MQ=255) gtcgGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCCCCCAAA‑AGGGTGGGCCTGGCCGTAATTAAccc > 2:2983901/1‑136 (MQ=255) ccAGGGCGGAAGGGCGGGGCATGAGTGGGGCTTGCCCCTTTGTGTGGAAATTACATGGATGTGTGCCCTCCCGGCAGCTTGCCTCGGGGGCAGCG‑CAGCCAAAT‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGAt < 2:2084239/136‑1 (MQ=255) ccACGGCGGCTTGGCCGGGCTTGTGTTGGTCATGGACGTTTGTGTGGACATGACATGGTTGTGTGCGCTCCCCGCTGCTTGCCTTGGGGGCTGCG‑CAGCCCACC‑GGGCGGCCCATGCCCTTCATTCACCCGGCGAt < 2:2336320/136‑1 (MQ=255) tgggCCGGGCTTGAGTTGGCCTTGCACTTTTGTGGTGACATCACATCGTTGGGGGCGCACCCCGCAGCTGGCCTTGGGGCCCCCG‑CAGCCAAAT‑GGGCTGGGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGa < 2:2417744/134‑1 (MQ=255) tGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCGCCCAAA‑GGGGGGGGCATGCCCGTAATTAACCCGGCGCTGCCCAGCTGATGCCCGGccgc > 2:2756206/1‑134 (MQ=255) ttGCGTGTACTTTACATGGTTGTGTGCGCTACCCGCTGCTTGCCTCGGGGGCCGCG‑CAGCCAAAC‑GGGGGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCt < 2:313152/136‑1 (MQ=255) aaatttacatCGTTGGGGGCGCCCCCCGCCGCTGGCCTCGGGGGCCGCC‑CAGCCAAAC‑GGGGGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGc < 1:141899/130‑1 (MQ=255) tgacatCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAC‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGc < 2:1639321/136‑1 (MQ=255) tCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCCCCCCAA‑GGGCGGCGCCAGCCCATGATTAAACCCGCGCATCCCAGCAGATGCCACGCCACAACTTCCACAAACCAGCAGATGGGCCAGCGGGtt > 2:3109659/1‑136 (MQ=255) tCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGtt < 2:2492916/136‑1 (MQ=255) tCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑AAGCCCAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGtt > 2:98941/1‑136 (MQ=255) gcGTAGTGGCCCCTACCCGCAGCTTGCCTAGGGGGCAGCG‑CAGCCCAAC‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGtt < 2:2418435/135‑1 (MQ=255) gCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCGCCCCAA‑GGGCGGCGCCTGCCCGTAAATAACCCCGCGCTGCCGCGCTGATGCCAGGGCACAAGTTCCACAGACCAGCGGAAGGGGCCGCAGGGTGTTGCGGTGCAGTAAGCGCgg > 2:1617198/1‑136 (MQ=255) gCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CCGCCCAAA‑AGGGTGCGCCTGCCCGTAATTAAACCCGCGCTGCCGCGCTGATGGCAGGCCGCAAGTGCCACAGACCAGCAGCTTGGGCCGCAGGTTTTGGGGTTGCAGTACGCGCgg > 2:798306/1‑136 (MQ=255) ccccccAAC‑GGGCGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGc < 1:2197029/133‑1 (MQ=255) gtccAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 2:3161262/134‑1 (MQ=255) ccccAAC‑GGGCGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 2:1650888/135‑1 (MQ=255) ccccAAC‑GGGCGGCCCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 1:2161697/135‑1 (MQ=255) ccccAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 1:1808772/135‑1 (MQ=255) cccAAACGGGCGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTg < 1:736842/136‑1 (MQ=255) ccaacggggCGGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTgg < 2:1457293/130‑1 (MQ=255) gCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCttt > 2:2744856/1‑136 (MQ=255) | ATACGTGAAACCGTCGCCGTCGGACCACGGCGGCATGGCCTGGCATGAGATGGTCATGGACCTTTGAGTGGACATGACATCGTAGTGTGCGCTACCCGCAGCTTGCCTAGGTGGCAGCG‑CAGCCCAAA‑GGGCTGCGCATGCCCTTCATTCACCCGGCGATGCCGAGCTGATGCCAGGCCTCAAGTGCCACTGACCAGCTGATGGGCCAGCTGGTTGTGGCGTTCCAGTACGCGCGGCAGGTCGACGGTGGCCAGCTGGCCGTCTTT > NC_002947/2951634‑2951899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |