| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,325,568 | 0 | T | G | 53.3% | 0.1 / 11.9 | 33 | D97A (GAC→GCC) | PP_2923 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/9); new base G (6/10); total (12/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCTCAGCCAGTTCCTCTGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGACTTTGGCCCGGAAAGGGCCCGGCCCGTCAGGCG > NC_002947/3325436‑3325703 | tGCTCAGCCAGTTCCTCTGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑c > 1:2397259/1‑136 (MQ=255)tGCTCAGCCAGTTCCTCTGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGGC‑gg > 2:3167055/1‑135 (MQ=255) ctctGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GGGGGCGG‑CCAG‑GGGCgccccc > 1:77471/1‑131 (MQ=255) ctctGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGGG‑G‑CCCA‑GGGCGCCgcgc > 2:751075/1‑136 (MQ=255) ggCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCGGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCcaca < 1:1236967/136‑1 (MQ=255) cAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGTGGCGGCC‑G‑CCA‑‑GGGCCGCGCGccccccc > 2:1122749/1‑131 (MQ=255) cAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GGGGGC‑G‑CCAA‑GGGGGCCGCGccccccc > 1:3193330/1‑131 (MQ=255) gggCACGACGCGAACAACCGCGTGCATGTCAGCCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTCCCCCGCCGGCCCCCGGCCAGCATTGCCGG‑GCGGCC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACt < 2:1726893/135‑1 (MQ=255) ggccACGATGCTTACAAACGCGTGCATGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGTTGCGCGGTTGCAGCTCACTGCCCACCGGGTCACCGCCCAGCATTGCCGG‑GGGGCC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACt < 2:88065/133‑1 (MQ=255) ggCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GGGGGC‑G‑GCCA‑GGGGGGCGCGCCCcaccacca > 1:2188096/1‑134 (MQ=255) atgCGTACAACCGCGTGCATGGTAGGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTTATGCGCCGTGGCAGCTCACTGCCCAGCCGGCCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCTACGCGCCACAGCACTTCATAca < 2:2734010/134‑1 (MQ=255) aaGCTTACAACCGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGGGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATAca < 2:1608026/136‑1 (MQ=255) aaGCTTACAAACGCGGTCAAGTGTTGCGCCTGGCGGGTAACCTTCTTGATGCGCCGTTGCAGCTAACTCCCCAGCCGGTCACCGGCCAGAATTGCCGT‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCTACGCGCCACAGCACTTCATAca < 2:3027736/136‑1 (MQ=255) aaGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATAca < 1:2454921/136‑1 (MQ=255) gCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GGGGGG‑G‑CCCA‑GGGCGACCCCCCCCAGGCCCTAAAAAAGCCGGTTGCAgcgcgg > 2:771073/1‑134 (MQ=255) gCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAA‑GGGCGGCCCGCCCCACCACATCATACAACAGGTTGCACCgctg > 2:2439838/1‑136 (MQ=255) aaGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GGGGTC‑G‑CCCA‑GGGGGCCGCGCCCCCCCCCATAATAAAACAGGTTGCAgcgcaggg > 1:2932519/1‑132 (MQ=255) gTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGG‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCg < 2:28929/136‑1 (MQ=255) gTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGCCACCGGCCAGCTTTGCCGG‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCg < 1:822395/136‑1 (MQ=255) tGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCAc < 2:1235889/136‑1 (MQ=255) ggcgcCTCGCGGGTTACCTGCTTGAGGCGCCGTGCCCGCACACTCCCCCGCCGGACCCCGGCCAGCATTGCCGG‑GCGGGC‑C‑CCAG‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCAc < 2:267084/135‑1 (MQ=255) ggcgcCCCGGGGTTTCCGTGCTTTAGGCGCCGTTCCACCCCACGCCCCCGCCGCCCCCCGGCCA‑CATTGCCGG‑GGCGGC‑C‑CCATGGGGCTACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCAc < 2:2214456/135‑1 (MQ=255) gcCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑GCCCAG‑GGGGGCCCCGCCCCA‑CCCATCATACAACACGTTGCCGCGCTGCACGCCAccgg > 1:1327036/1‑133 (MQ=255) cTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAg < 1:724728/136‑1 (MQ=255) gggTTACCTGCTGTCTGCGCGGTGGCTGCTCACTCCCCCGCGGGTCACCGCCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCgaga < 2:3193330/136‑1 (MQ=255) tGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGACACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGGC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCt < 2:2047994/136‑1 (MQ=255) tCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGATGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCgg < 2:1481399/136‑1 (MQ=255) cccgggCCCAGCCGGTCCCCGCCCTGCATGCCGGG‑GGGGTC‑C‑CCAG‑GGCCTCCGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCgg < 1:2419138/131‑1 (MQ=255) acACTCCCCCGCGGGCCACCGCCCATAATGCCGGG‑GCGGTC‑C‑CCTT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCgg < 1:2983946/135‑1 (MQ=255) tGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAA‑GGGGGCCGCGCCCCAGCCCATCATAAAGCAGGGTGCACCGCAGCGAGGCCCGGTTGCGCGAGGCCGGCGGCAACTGGCGCACCAGGGCGGCCgg > 2:736662/1‑136 (MQ=255) cccAGCCGGCCCCCGGCCACCTTGGCCGG‑GCGGGC‑G‑CCAG‑GGGCGCCGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGa < 2:2174722/136‑1 (MQ=255) gCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGACttt < 2:198325/136‑1 (MQ=255) ggCGGGC‑G‑CCTG‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGACTTTGGCCCGGAAAGGGCCCGGCCCGTc < 2:2944362/135‑1 (MQ=255) tC‑G‑CCAT‑GGGCGACGTGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGACTTTGGCCCGGAAAGGGCCCGGCCCGTCAggcg > 2:2881589/1‑136 (MQ=255) | TGCTCAGCCAGTTCCTCTGGCAACGGCACGAAGCGTACAAACGCGTGCAAGTGATGCGCCTCGCGGGTTACCTGCTTGATGCGCCGTTGCAGCTCACTGCCCAGCCGGTCACCGGCCAGCATTGCCGT‑GCGGTC‑G‑CCAT‑GGGCGACGCGCCACAGCACTTCATACAGCAGGTTCCAGCGCTGCTCGCCACGGTAGCGAGAGGCCTGCTCCAACTGGCTCAGCAGTGCGGCCGGGACTTTGGCCCGGAAAGGGCCCGGCCCGTCAGGCG > NC_002947/3325436‑3325703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |