Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,999,172 | Δ1 bp | 10.7% | intergenic (‑163/+37) | PP_5252 ← / ← PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,999,172 | 0 | C | . | 10.7% | 465.1 / 59.5 | 159 | intergenic (‑163/+37) | PP_5252/PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/69); new base . (14/3); total (87/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.83e-02 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAGCTC > NC_002947/5999024‑5999319 | aGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCt < 1:4430490/150‑1 (MQ=255) ggggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACA‑ACGTCTg > 1:3886606/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGt > 2:4165715/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGt < 1:4165715/150‑1 (MQ=255) gggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTGTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGt > 2:3805779/1‑150 (MQ=255) cAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCg < 2:1120998/150‑1 (MQ=255) cAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCg < 2:871920/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCgg < 1:3895437/150‑1 (MQ=255) 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ggggCTTGAATGTTTGTGGGGTGGGTTGAAGATGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGaa < 2:2736665/149‑1 (MQ=255) ggCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCGACA‑AACTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAgg > 1:659418/1‑150 (MQ=255) cTTGCATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGTTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGaa < 2:4354540/150‑1 (MQ=255) cTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGaa < 2:2797433/150‑1 (MQ=255) tttaaTTGATGTGCGGTGGGTTGAAGATGGTTAGCCCTGGTCAATCTTTTTTCTGCCTTGGCCGGCCTCTTCTCGGGTAAACCCGGTCCTTCT‑ACGTCTGTATGAGCGTGTTTAGCCGCTAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAAc < 2:2382095/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |