Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 838,006 | Δ1 bp | 5.9% | intergenic (‑39/+41) | pth ← / ← rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 838,006 | 0 | G | . | 5.9% | 638.2 / 32.7 | 187 | intergenic (‑39/+41) | pth/rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/87); new base . (7/4); total (96/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGA > NC_002947/837860‑838152 | cTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTg‑cgcgc < 1:151701/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCa > 1:1913189/1‑150 (MQ=255) gcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACt < 1:4039729/150‑1 (MQ=255) gcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACt > 2:4403348/1‑150 (MQ=255) tGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGt > 1:1315091/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGCGTTCAACGAACAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTa < 2:1787902/150‑1 (MQ=255) cAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑C‑CGCGCGCACTGTAAc < 2:3410608/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAAcc > 2:2543423/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCCCTGTAAccc > 1:856119/1‑150 (MQ=255) gCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGa < 2:3920828/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGCGTTGATCGGGTTACAGTG‑C‑CGCGCGCACTGTAAcccac < 1:3349599/150‑3 (MQ=38) gTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATc > 2:198188/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGC‑GGGTTACAGTG‑C‑CGCGCGCACTGTAAccca > 2:4466155/1‑142 (MQ=255) aaCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGC‑GGGTTACAGTG‑C‑CGCGCGCACTGTAAccca < 1:4466155/143‑2 (MQ=255) aCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGc > 1:2499313/1‑150 (MQ=255) cGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGcc > 1:1002666/1‑150 (MQ=255) gAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCg > 1:789326/1‑150 (MQ=255) aaaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAATGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCgg > 1:1378681/1‑150 (MQ=255) aaaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCgg > 2:1650106/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGc < 1:1573425/150‑1 (MQ=255) agagCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGt > 1:3269591/1‑150 (MQ=255) gCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCACCTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGa < 1:1870510/150‑1 (MQ=255) ttATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTa > 1:3566132/1‑150 (MQ=255) ccGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCgg > 1:2832669/1‑150 (MQ=255) cGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGc > 2:404418/1‑150 (MQ=255) ggTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAg < 2:1078520/150‑1 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCctt > 1:2230090/1‑150 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCctt > 2:3994420/1‑150 (MQ=255) tCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttc < 2:1599243/150‑1 (MQ=255) tCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttc > 1:1052122/1‑150 (MQ=255) tCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttc < 1:2959652/150‑1 (MQ=255) cGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttct > 1:3179743/1‑150 (MQ=255) tATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgc < 1:2671566/150‑1 (MQ=255) ttCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACAGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTAGGCAGCGCcttctgctt > 1:1394028/1‑150 (MQ=255) tCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttc < 1:251249/150‑1 (MQ=255) gttggCCTGGGTAACCCCGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACATTT‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGAGCcttattcttct > 1:3976574/4‑150 (MQ=255) cGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttct < 2:873985/150‑1 (MQ=255) cGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttct < 2:1770923/150‑1 (MQ=255) 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gggTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAAc < 2:1461203/150‑1 (MQ=255) ggTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAAcg < 1:2621056/150‑1 (MQ=255) ggTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTAAAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAAcg > 2:1294816/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCAACGATCAACTGGCTGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTgg < 1:599031/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGa > 2:2427356/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |