New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5673588 = | 109 (0.550) | 14 (0.090) | 4/228 | NT | 13.6% | intergenic (+34/‑136) | PP_4978/PP_4979 | hypothetical protein/substrate‑binding protein |
? | NC_002947 | 5673673 = | 88 (0.540) | intergenic (+119/‑51) | PP_4978/PP_4979 | hypothetical protein/substrate‑binding protein |
GCAGCAGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5673760‑5673588 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcgcgggcacgcccgctcccacaTCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTAATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTTCTGGATCCTGCTGCTCGTTTGCCTGAGCCCGTTGGCTCTGGGCGAACGCTTGCGCCTGGTAACCGACGACTGGGC > NC_002947/5673673‑5673821 GCAGCAGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCT < 2:2152606/150‑1 catcattATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGTCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCACTATCGATGTGGGAGCTGGCGTGCCCTAGAACACCGGCGAAGCCGGTTCCAACGATCGGGTTGCTCTCTT < 1:3280417/143‑1 CAGCAGGATCCAGACCAGACGGGCGATCTGTGGCCTGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAACGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTT < 2:3576293/150‑1 CAGCAGGATCCAGACCAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTT < 1:272341/150‑1 CAGCAGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGAGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTT < 2:1298839/150‑1 AGCAGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTC > 1:1058181/1‑150 AGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCG < 1:1287878/150‑1 AGGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCG < 1:3403281/150‑1 GGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGG < 1:121447/150‑1 GGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGG < 1:3232340/150‑1 GGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGG < 2:316095/150‑1 GGATCCAGAACAGACGGGCGATATGTGGCATGGCCGGAGATTACGCGCTCGGCCGGTGTACGGTAAAGGCATGCATTATCGATGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGG < 2:1420494/150‑1 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1:2335237/1‑150 CCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTCATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTGCTGGATC > 2:1181417/1‑150 CCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTAATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTTCTGGATC > 2:570584/1‑150 caGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTAATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTTCTGGATCC > 1:1239203/3‑150 CCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTAATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTTCTGGATCC > 1:3406631/1‑150 CCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAACGATCGGGTTGCTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATCGATAATGCATGCCTTTACCGTACACCGGCCGAGCGCGTAATCTCCGGCCATGCCACATATCGCCCGTCTGTTCTGGATCC > 2:1153762/1‑150 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |