New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 6021248 | 104 (0.530) | 9 (0.050) | 8/230 | NT | 8.5% | intergenic (‑71/+74) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | = 6021278 | 107 (0.650) | intergenic (‑101/+44) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/6021077‑6021248 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgggcttgcccgctcccacaggAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCACA < NC_002947/6021278‑6021132 GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCG < 1:2451841/150‑1 GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCG > 2:121204/1‑150 CTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCG > 2:1229084/1‑150 TTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGG < 1:2559082/150‑1 TTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGG > 2:4504937/1‑150 TGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGATAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTCTTCGCGGG < 2:2821174/150‑1 TCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTT > 2:527601/1‑150 TCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTT > 1:1897245/1‑150 TCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTT > 2:527621/1‑150 TCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTT < 2:2288948/150‑1 ACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGC < 1:976299/150‑1 ACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTAAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTGATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGAGGGCTTGC > 2:308864/1‑150 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TCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGC > 2:2251887/1‑150 TCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGC > 2:3417725/1‑150 TCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGC < 2:2476987/150‑1 TCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGC < 1:2889042/150‑1 TCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGC > 1:2126067/1‑150 CCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGC > 1:1412889/1‑150 CCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGC > 1:3707099/1‑150 CCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGC > 1:3392497/1‑150 CCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGC > 1:3392444/1‑150 CACAGGAACACCCCCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCC < 1:3079620/150‑1 CACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCC > 2:3848308/1‑150 CACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCC > 2:3300441/1‑150 ACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCA > 2:2712947/1‑150 ACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCA > 1:382333/1‑150 ACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCA > 2:605347/1‑150 AGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCACA > 2:3868855/1‑150 GCCTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/6021077‑6021248 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgggcttgcccgctcccacaggAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATAATCCACCACCGATTTCAACCCGAACCACCATAAGGCAGCCGCTATGCGTCCCGCCCGCGCCCTGATCGACCTCCAGGCCCTGCGCCACA < NC_002947/6021278‑6021132 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |