| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1906724 = | 55 (0.280) | 8 (0.050) | 6/224 | NT | 12.7% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| ? | NC_002947 | 1906818 = | 65 (0.410) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCA > NC_002947/1906575‑1906873 | tcgagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctg > 1:4151254‑M1/150‑150 (MQ=255)tcgagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctg > 1:3784218‑M1/150‑150 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 1:3775761‑M1/148‑150 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 2:3083868‑M1/148‑150 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 1:2698505‑M1/148‑150 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc < 2:3298630‑M1/3‑1 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc < 1:2075822‑M1/3‑1 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc < 2:815812‑M1/3‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGC < 1:3894439‑M1/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGC < 1:3166952‑M1/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGC < 2:276998‑M1/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGC < 2:752605‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTGTGCTGCCTGTGCCGGCC > 2:1105993‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCct < 2:2927522‑M1/5‑1 (MQ=255) aGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCT > 1:2867753‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTC > 1:2211242‑M1/1‑150 (MQ=255) cgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCtt < 2:4428306‑M1/8‑1 (MQ=255) cgcTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGGCTCTTgg > 1:577813‑M1/1‑148 (MQ=255) gatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTcgcg < 1:579751‑M1/12‑1 (MQ=255) gatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCGTcgcg < 1:1122239‑M1/12‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGG < 1:1136679‑M1/150‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGG < 2:3541377‑M1/150‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGG < 1:3556415‑M1/150‑1 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:2421691‑M1/138‑150 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:1977321‑M1/138‑150 (MQ=255) ctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGG < 1:4076320‑M1/150‑1 (MQ=255) ctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGG > 1:1498796‑M1/1‑150 (MQ=255) tcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGGAAGc < 1:444540‑M1/19‑1 (MQ=255) ctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 2:3251185‑M1/21‑1 (MQ=255) cagcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCC > 1:4117182‑M1/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGACAAGCCC > 1:659071‑M1/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGACAAACCC > 1:3440089‑M1/1‑150 (MQ=255) gcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAATCCCcc > 1:3250175‑M1/1‑148 (MQ=255) 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catcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCttgcccgcgaagagg > 1:2623670‑M1/121‑143 (MQ=255) ctgctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGTCCGCTCCTACGGaa > 2:2394511/1‑150 (MQ=255) gctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATc < 2:2919611/150‑1 (MQ=255) gccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 2:803782‑M1/115‑117 (MQ=255) gccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc < 1:803782‑M1/3‑1 (MQ=255) aGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCa < 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tCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCGTGTaa > 1:1285263/1‑150 (MQ=255) tCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACCGAATCTGCACCGCCGTGTaa > 2:3992232/1‑150 (MQ=255) tGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCATGTAATa > 2:3842704/1‑150 (MQ=255) ggaggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCG < 2:2744897‑M1/98‑1 (MQ=255) gaggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACg < 2:4030294/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGcc < 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2:1517199‑M1/1‑64 (MQ=255) ggAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGATGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGCCAAGCCCGAACCTACGCAATCTCCACCGCCTTGTAATACGCCGCCCACCCTGTGGGAGCGGGATTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACaa < 2:68278/150‑1 (MQ=38) aGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAACCCCCACCAACCGAAACAGGACCCCCCTGGGATACGGCGCCCACCCGGGGGGGGCGGGCGTGCCCCCGCAGGGGCCCCCACAAGc > 1:1058651/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGGGGGCCTGATCCCCCTTTGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGGGGGAACGCCCGCTCCTAGGGAATCTGCACCGCCTTGTAATCCGGCGCCGACCCTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATa < 2:2087796/150‑1 (MQ=38) ggCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCCCGCCGCCGGAAGGTGCCCCCCCGTGTAAAAACGCGCCCCCCCCGGGGGTGCGGGCGTGCCCGCCCCCAGGCCAGCACAACCCCCCAAGATaaac > 2:179746/1‑148 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAAAACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgc < 2:3610871/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGCCGGCCTCTTCGGGGGCAAGCCCGCTCCTACGTAATCTGCACCGCATTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAac < 2:577813/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgt < 2:4354390/72‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgt > 1:4354390/1‑72 (MQ=255) | TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCA > NC_002947/1906575‑1906873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |