| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | = 4024316 | 151 (0.770) | 7 (0.070) +TTGACGGGCATCCATGCCCGTCACCTGCCTCCGCAAGGCCTGCGTTCGGCCTCCTGAAGTCGCG |
6/148 | NT | 9.0% | intergenic (‑45/+623) | PP_3547/emrB | NAD(P)‑binding oxidoreductase/multidrug transporter permease |
| ? | NC_002947 | = 4909934 | 114 (0.580) | coding (58/198 nt) | PP_4317 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGAGCGCA > NC_002947/4909786‑4910081 | aTGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttg < 2:2448668/150‑1 (MQ=255)aTGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttg < 2:3210639/150‑1 (MQ=255) tGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttga < 2:2594131/150‑1 (MQ=255) tGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttga < 1:4260899/150‑1 (MQ=255) gAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTACCGTTgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttgatctt < 1:3014504/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTcgc > 2:1021094/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGAc > 1:2272529/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACt > 1:2628973/1‑150 (MQ=255) cGGCAAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACt > 1:2629113/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTc > 1:1379177/1‑150 (MQ=255) aCAGTCAATGGAAATAACACGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCaggagg < 2:3192988/150‑1 (MQ=255) aTGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACg > 1:654560/1‑150 (MQ=255) aTGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACg > 1:654568/1‑150 (MQ=255) 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ttgatcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGa > 1:4149047/1‑150 (MQ=32) tgatcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAg > 2:3990661/1‑150 (MQ=32) tgatcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAg > 2:3990707/1‑150 (MQ=32) gatcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCGGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAgg < 1:1021094/150‑1 (MQ=17) tcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGa > 2:3482512/1‑146 (MQ=32) tcttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGa < 1:3482512/146‑1 (MQ=32) gttgatcttgatcttgttcttCGCGACTTCAGGAGGCCGCCCGCAGGCCTTGCGGCGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGCGGCCCCAGGAGGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGa < 2:946456/149‑1 (MQ=11) cttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGGGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGa < 2:946515/150‑1 (MQ=17) tcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGagcgc > 1:2621449/1‑150 (MQ=32) tcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGagcgc > 1:1931747/1‑150 (MQ=32) tcttcgcgacttcaggaggccgaacgcaggccttgcggaggcaggtgacgggcatcc < 1:574392‑M2/57‑54 (MQ=255) tcttcgcgacttcaggaggccgaacgcaggccttgcggaggcaggtgacgggcatcc > 2:574392‑M2/1‑4 (MQ=255) tcttcgcgacttcaggaggccgaacgcaggccttgcggaggcaggtgacgggcatcc > 2:574515‑M2/1‑4 (MQ=255) cttgatcttCGCGACTTCAGGTGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCTTGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGagcgca < 2:698732/150‑1 (MQ=17) cttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCTGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCGGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGagcgca < 2:698721/150‑1 (MQ=17) cttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGagcgca < 2:4245434/150‑1 (MQ=32) ttcgcgacttcaggaggccgaacgcaggccttgcggaggcaggtgacg < 2:3828930‑M2/48‑47 (MQ=255) | ATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGGCCGGAGTGAGGGGACCCCGGAGCGCA > NC_002947/4909786‑4910081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |