Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 385,478 | A→C | 9.5% | intergenic (+15/+20) | PP_0320 → / ← ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 385,478 | 0 | A | C | 9.5% | 470.4 / 28.9 | 173 | intergenic (+15/+20) | PP_0320/ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/75); new base C (4/14); total (84/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCC > NC_002947/385329‑385625 | aCCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAc > 1:45373/1‑150 (MQ=255) cGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcgg < 2:190697/150‑1 (MQ=255) cGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcgg > 1:2456520/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcc < 2:1480812/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcc > 1:2737911/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcccc < 1:265329/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcccc < 2:3935955/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGGATTTCCGATTGGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcccc < 1:2439435/150‑1 (MQ=255) 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aGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGc > 2:954680/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGATTTGGCGCTTGAGACGGCGGCGGAGGTGCTTGGGTGCCGCGAGGAGTGCAAGGCGTTGCGTGGGTGGGCTGATGACCTGGCTCGGAAGATGGGTGTGTACAGGCTCTAGTTCGCAGGGGCCGCACGGGGGCCCCGGCtctc < 2:2561708/150‑1 (MQ=255) gATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGAGGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCtctc < 2:2507117/150‑1 (MQ=255) aTTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCg < 2:649003/150‑1 (MQ=255) tttCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGATGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGc > 2:1095893/1‑150 (MQ=255) tCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTc > 1:3588485/1‑150 (MQ=255) gATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGc > 1:758576/1‑150 (MQ=255) gATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGc > 2:2849998/1‑150 (MQ=255) tttatcggcggcggAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATc > 2:454625/6‑150 (MQ=255) agaCGGCGGCGGAGGTGCACGGGTGCCGCGCGGAGTGCCTGGGGTTGGGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTCCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGt < 1:295489/150‑1 (MQ=255) agaCGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGt > 1:1577873/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCCGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGc < 2:2764112/150‑1 (MQ=255) cggcggcggAGGTGCACGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCg < 2:1212818/150‑1 (MQ=255) cggcggcggAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCg < 2:3298823/150‑1 (MQ=255) tggTGCTTGGGTGCGGCGTGGAGTGCCTGGGGTTGGGTGGGTGGGCTGTTGACCTGGCGGGGCAGTTGGGTGGTTTCAGGCTCTAGATCGCTGGGGCCGCAGGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATccgc < 1:2502730/149‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATccgcc < 2:3698116/150‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATccgcc < 2:4218539/150‑1 (MQ=255) aaGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAg < 2:3095587/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGGTGGGCCTGGGGTTGGGTGGGGTGGGTGATGCCCGGGCGCGGCTGTTGGGTGGGTCCCGGCTCTCGATCGCCGGGCCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCAc < 1:3849408/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCAc < 1:1447295/150‑1 (MQ=255) 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gATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcgc < 2:3787470/150‑1 (MQ=255) gATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcgc > 2:415965/1‑150 (MQ=255) agcGCAGGGGCCGCAGGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGcc < 1:3433548/148‑1 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa > 1:1119298/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGAGAAAGGTCTAGAAGCGCCa > 2:1914871/1‑150 (MQ=255) 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gCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGcccc > 1:84966/1‑150 (MQ=255) | AACCGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCC > NC_002947/385329‑385625 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |