| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 385,480 | G→T | 7.0% | intergenic (+17/+18) | PP_0320 → / ← ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 385,480 | 0 | G | T | 7.0% | 573.8 / 22.7 | 170 | intergenic (+17/+18) | PP_0320/ltaE | methyl‑accepting chemotaxis transducer/low specificity l‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/80); new base T (4/8); total (82/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCC > NC_002947/385332‑385625 | cGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCAcgg < 2:190697/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcc > 2:2727321/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGcc > 1:2737911/1‑150 (MQ=255) 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aGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCCGGGGCCGCCGTGCGGCCCCTGc < 1:1636911/150‑1 (MQ=255) aGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGc > 2:954680/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGAGGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCtctc < 2:2507117/150‑1 (MQ=255) aTTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCg < 2:649003/150‑1 (MQ=255) tttCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGATGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGc > 2:1095893/1‑150 (MQ=255) 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aTTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGcc > 2:3980035/1‑150 (MQ=255) tttatcggcggcggAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATc > 2:454625/6‑150 (MQ=255) agaCGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGt > 1:1577873/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCCGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGc < 2:2764112/150‑1 (MQ=255) cggcggcggAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCg < 2:3298823/150‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATccgcc < 2:3698116/150‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATccgcc < 2:4218539/150‑1 (MQ=255) aaGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAg < 2:3095587/150‑1 (MQ=255) aaGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAg > 2:1381059/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCAc < 1:1447295/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCAc < 2:643516/150‑1 (MQ=255) gCCGCGAGGAGTGCCTGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGACGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACg < 2:2344456/150‑1 (MQ=255) gCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGACGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACg < 2:2344455/150‑1 (MQ=255) ccGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGc > 2:2252699/1‑150 (MQ=255) cgcggtgTGCCTGGGGTTGGGTGGGTGGGCTGATGACCTGGCGGGGCTGTTGGGTGGGTTCCGGATCTAGATCGCCGGGGCCGCCCGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCAcc < 1:870508/144‑1 (MQ=255) 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gcgGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGAGCGCTGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCa < 2:3813555/150‑1 (MQ=255) gATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTg < 2:3527459/150‑1 (MQ=255) ggtgggtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCATCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGa < 2:3871188/150‑1 (MQ=255) ggtgggtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGa > 1:3538109/1‑150 (MQ=255) ggtgggtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGa > 1:531177/1‑150 (MQ=255) gtgggtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGAt > 2:2031341/1‑150 (MQ=255) gtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAg < 1:1095893/150‑1 (MQ=255) gtTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAg > 1:34328/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAgg > 2:1831801/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAgg > 2:4236460/1‑150 (MQ=255) tAGTTCGCTGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc < 2:1507251/150‑1 (MQ=255) tAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgc > 1:2873967/1‑150 (MQ=255) aGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcg > 2:1202642/1‑150 (MQ=255) gATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAgcgc > 2:415965/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCa > 1:1119298/1‑150 (MQ=255) ccggggCCGCCGTGCGGCCCCTGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGcc > 2:1296507/3‑150 (MQ=255) ggCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTg < 2:1940847/150‑1 (MQ=255) cGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGccc > 1:3627691/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGcccc > 1:2339942/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGcccc > 1:914340/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGcccc > 1:84966/1‑150 (MQ=255) | CGGACGGTGCAGGGGATTTCCGATTTGGCGCGTGAGACGGCGGCGGAGGTGCAAGGGTGCCGCGAGGAGTGCCAGGCGTTGCGTGGGTTGGCTGATGACCTGGCGCGGCAGATGGGTGGGTTCAGGCTCTAGATCGCAGGGGCCGCACGGCGGCCCCGGCTCTCGCTCAGCCACCAATGATCGTGCGGATATCCGCCGCCAGCTCACGCACCCGCGCTTCTTCGGTATCCCACGAGCACATGAAGCGCGCGCCACCGCTGCCGATAAAGGTATAGAAGCGCCAGCCCTTGCCCC > NC_002947/385332‑385625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |