Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 403,270 | T→A | 6.2% | intergenic (‑70/+99) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 403,270 | 0 | T | A | 6.2% | 439.5 / 13.6 | 143 | intergenic (‑70/+99) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/64); new base A (3/6); total (72/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CGTGTCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCG > NC_002947/403123‑403419 | cGTGTCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTAc < 1:1454620/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACa < 2:2679902/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACa < 2:3712057/150‑1 (MQ=255) tgtCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAg < 2:2824817/150‑1 (MQ=255) gcgGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGcaca < 1:4243040/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGt > 2:2639130/1‑150 (MQ=255) caggcaggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGttt < 2:3606220/150‑1 (MQ=255) caggcaggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGttt < 1:2082266/150‑1 (MQ=255) 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tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:444569/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:2699498/150‑1 (MQ=255) gTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTgtgg < 1:3489799/150‑1 (MQ=255) gTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTgtgg > 2:2011716/1‑150 (MQ=255) gtCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtgct < 2:1031862/149‑3 (MQ=255) 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acaGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGt > 2:2484623/1‑150 (MQ=255) tACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTcgcg > 2:3536498/1‑150 (MQ=255) | CGTGTCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCG > NC_002947/403123‑403419 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |