Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,515,265 | A→T | 8.0% | intergenic (+73/‑81) | urtD → / → urtE | ABC transporter ATP‑binding protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,515,265 | 0 | A | T | 8.0% | 451.1 / 3.8 | 166 | intergenic (+73/‑81) | urtD/urtE | ABC transporter ATP‑binding protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/76); new base T (5/11); total (76/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATCCCTTTCAGGAACTCTCACATGCTCAAGATCGACACCCTGCACCAGTACTACGGCGGCAGCCACATCCTGCGCGGCCTGTCCTTCGAA > NC_002947/5515116‑5515414 | ggAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTACTACAGTGGGCGTAATGCCa > 2:1259117/1‑150 (MQ=255) aGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATg < 1:2122571/150‑1 (MQ=255) aGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATg < 2:3411995/150‑1 (MQ=255) gtgtGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATgg < 2:555813/150‑1 (MQ=255) gtgCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATgggg < 1:2614997/150‑1 (MQ=255) gtgCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATgggg < 2:2586819/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCg < 2:1384261/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCg < 1:1567625/150‑1 (MQ=255) tGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGt > 2:4346006/1‑150 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTc > 2:2841231/1‑150 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTc > 2:4400682/1‑150 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCGTCGCGGGTAACCCCGTTCCGACAGTGGGCGTAATGCCAGGGGGCGGttg > 2:1124279/1‑149 (MQ=255) ggAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTCTCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTCACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTccc < 2:3954589/150‑1 (MQ=255) 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ggtggtCGAGGTTTTTCTGGGCCGCTGACCTTATTTTATTTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTAACCCGGTCCCTACCGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTGCCCGCGTTAGGAGCGGGTttacccgcgaagaggccggca > 2:335819‑M2/1‑129 (MQ=255) ggtCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTttacccgcgaagaggccggcacag > 2:1053112‑M2/1‑126 (MQ=255) tggTGTTTCTGGGCTGCTGACCGTATTTGATTTTTTGGGGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACTGTGGGCGTAATGCCTTGGGGCGGTGCCCGTCGTTGTAGCGGGTTTACCCGCGATGAGGCCggcacaggcaca < 2:2565169/149‑1 (MQ=255) tgtATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCCTTCCGACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGGTCCCGGCGGAGGAGCGGGTTTTCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGcc > 2:2636980/1‑149 (MQ=255) tATCTCGCCCGCTCACCCCATTTGAATTTTCCCCCCCTGTGCCGGCCACTACGCGGCTAACCCCGTTCCTACAGCGGGCGTAATCCCATGGGGCGGTACCCGACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATc < 2:3367420/150‑1 (MQ=25) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |