| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 403,285 | A→G | 5.5% | intergenic (‑85/+84) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 403,285 | 0 | A | G | 5.5% | 466.1 / 10.7 | 145 | intergenic (‑85/+84) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/60); new base G (3/5); total (80/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAATCGGCCG > NC_002947/403138‑403434 | caggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCaaa < 1:603335/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:444569/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 2:4291847/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |