Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,636,430 | T→G | 5.5% | intergenic (+33/+350) | putA → / ← PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,636,430 | 0 | T | G | 5.5% | 740.6 / 20.7 | 219 | intergenic (+33/+350) | putA/PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/104); new base G (8/5); total (110/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CACGGGCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTT > NC_002947/5636281‑5636579 | cACGGGCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCt > 2:2997132/1‑150 (MQ=255) cACGGGCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCt > 2:4503447/1‑150 (MQ=255) gCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGct > 2:4336528/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |