Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 403,288 | G→A | 5.3% | intergenic (‑88/+81) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 403,288 | 0 | G | A | 5.3% | 480.2 / 11.2 | 150 | intergenic (‑88/+81) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/60); new base A (3/5); total (85/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAATCGGCCGGTC > NC_002947/403145‑403437 | tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 2:4291847/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:2699498/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCC‑‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg > 2:3696371/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |