| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 403,290 | T→C | 5.3% | intergenic (‑90/+79) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 403,290 | 0 | T | C | 5.3% | 474.2 / 10.6 | 154 | intergenic (‑90/+79) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/59); new base C (3/5); total (87/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAATCGGCCGGTCG > NC_002947/403145‑403438 | tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:2699498/150‑1 (MQ=255)tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 2:4291847/150‑1 (MQ=255)tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgtg < 1:258512/150‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |