Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,758,660 | 0 | A | C | 9.3% | 424.0 / 2.8 | 168 | intergenic (+359/‑329) | glnG/PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/76); new base C (10/11); total (81/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATC‑TCCACCTGCCGTTC‑AGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACCACGGC‑GTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGG > NC_002947/5758511‑5758809 | tAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATC‑TCCACCTGCCGTTC‑AGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACCa < 2:1604481/150‑1 (MQ=255) tAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATC‑TCCACCTGCCGTTC‑AGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAACa > 2:3582588/1‑150 (MQ=255) gaaccccGCGCCGACCACGGCGGGGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATC‑TCCACCTGCCGTTC‑AGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACCa < 1:4066858/146‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |