Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,758,669 | A→G | 6.0% | intergenic (+368/‑320) | glnG → / → PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,758,669 | 0 | A | G | 6.0% | 442.8 / 4.3 | 160 | intergenic (+368/‑320) | glnG/PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/75); new base G (8/2); total (78/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCC > NC_002947/5758520‑5758818 | cttccATGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGACGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGaca < 1:1007494/147‑1 (MQ=255) cTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGGTGaca > 2:193520/1‑150 (MQ=255) ttccccggcggTGGTCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGacac < 2:3734400/145‑1 (MQ=255) tACCTCGGCGGTGGTCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGacac < 2:2282203/150‑1 (MQ=255) gtcttacgcggTGGCCACATATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGacac < 2:656523/143‑1 (MQ=255) aCCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTAACACGGCGTGGacacc > 2:1878771/1‑149 (MQ=255) cACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑CCTCCAACCACCGCGTGGAcacaca > 1:574104/1‑150 (MQ=255) cggcggTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATc < 1:1276985/150‑1 (MQ=255) cggTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATcgcg < 1:4152236/150‑1 (MQ=255) cggTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATcgcg < 1:2061013/150‑1 (MQ=255) ggTGGCCACAGATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCgg < 2:530497/150‑1 (MQ=255) tGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGgtc < 1:193462/150‑1 (MQ=255) gCACATATCGGGGTAGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGgtcgtc < 2:2457794/150‑1 (MQ=255) tatCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTAACACCGCGTTGACACACATCGCGGTCGTCGTAgg > 1:3727708/1‑150 (MQ=255) ccgggTCGTCGTAGGAGCGTGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTTCTCGCCAATCTCAACCTGACTTTCAGCGTTGCCGCCTTCACATTTTTCTCTGGTAATCCC‑GCTCCTAACACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGc < 2:3043237/148‑1 (MQ=255) cGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGc < 1:3371294/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGt < 2:2575774/150‑1 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTGCTACCCCGGCGTTGACACAAATGGGGGTGGTCCTAGGTGGGGGTTGACCcg > 2:918865/1‑150 (MQ=14) aGGAGCGGGTTCACCCGCGTAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 1:2999279/150‑1 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGACGAGGCCGCGCCGGCGGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACCCATCGCTGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:183369/150‑1 (MQ=17) aGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 1:439126/150‑1 (MQ=255) cGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCCCCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAaga < 2:1714691/150‑1 (MQ=255) cACCCGCGACGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCGGCCGTTCAGCGTTGCGGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgg < 2:2965824/150‑1 (MQ=255) cccGCGACGAGGCCGCGCCTGGTGGCCAACCTCCCCCTGCCGTTCAGGGTTGCCGCCGCCACGGTATGCGCGGTTAACCCC‑GCTCCTCCCCCGGCGTGGACACACATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCGGCGAAGAGGCCGGGc < 1:186830/150‑1 (MQ=17) cccGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACGCATCGCGGTCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGc > 2:3376680/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCCCGGCGGGGCCACACAGCGCGGGCGGCGGAGGAGCGGGGTCCCCCGCGGAGAGGCCGGGcc > 2:158260/1‑150 (MQ=17) ccGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGcc > 2:1413977/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGCAGAGGCCGGGcc > 2:2865234/1‑150 (MQ=255) aaGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCctgctg < 2:4278929/150‑1 (MQ=255) gagGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCCCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGGCCAGCTGGc > 1:2148911/1‑150 (MQ=255) gagGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCCCGGCGGGGGCACACATCGCGGGCGGCGTAGGAGCCGGTTCACCCGGGGAGAGGGCCGGCCAGCAGGc > 1:607588/1‑150 (MQ=14) gCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTCAACCC‑GCTCCTACCACGGCGGGGGCACCCAGCGCGGGCGGCGTAGGTGCGGGGTCACCCGCGCAGAGGCCCGGCCGGCTGGCCaa > 2:946146/1‑150 (MQ=14) gCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACCGCGGGGGCCCCCATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGCAGAGGCCGGGCCAGCAGGCCaa > 1:3274645/1‑150 (MQ=14) gcCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTcc < 1:2590390/150‑1 (MQ=255) gCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACCCATCGCGGTCGGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGGAGAGGCCGGGCCGGCTGGCCAAACTCCACCTGCCg > 1:3635892/1‑150 (MQ=17) gCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCAAGGCGTGGACACACATGGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCg > 2:3755355/1‑150 (MQ=255) cAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCAGCTGGCCAATCACCACCTGCCGtt > 2:615676/1‑150 (MQ=255) tctcCACCTGCCGTTCTGCGTTGCCGCCGCCAGCGTTTTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAg < 2:3846583/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGccac < 2:2031454/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGccac < 2:759103/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTAACACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTACACCAGCCCTTAAGCGTTGCCGccac > 1:1388338/1‑150 (MQ=17) ttCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGGCGTCGTAGGTGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGTCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGccacc > 2:796902/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCGCCTAACACGGCGTGGGCACCCAGCGCGGTCGGCGGAGGCGCGGGTTCACCCGCCCAGAGGCCGGGCCGGCTGGCCCAAATCCACCGGCCGGTCAGCGGTGCCGccacc > 1:1360463/1‑150 (MQ=14) tCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGccacca < 2:2977710/150‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGGCACACCTCGCGGGCGTCGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCGGCTGGCCAATCTCCACCGGCCGGTCAGCGTTGCCGCCACCACCgga > 1:975303/1‑148 (MQ=14) gTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTa < 2:2814936/150‑1 (MQ=255) tttacccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTAtt > 2:3244102/6‑150 (MQ=255) gccgccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATAGCGGTCGTCGTAGGGTCGGGTTCACCCGCCACGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCGGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCCCCgggtgc > 2:3240381/1‑145 (MQ=17) ccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCCCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCgg < 2:2914048/150‑1 (MQ=255) ccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCgg < 1:2886356/150‑1 (MQ=255) gccACCGTATTCGCGGGTAAAACC‑GCGCCTACCACCGCGTGGACACACAACGCGGTCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCCCCAAGAGGCCGGGCCAGCTGGCCAAAATCCACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCCAAATAGCGGGt > 1:224628/1‑150 (MQ=14) aCCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCCCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:963839/150‑1 (MQ=255) ccGTATTCGGGGGTAACCCG‑CCTCGTACCCGGGCGTTGACACACATCGCGGTCTTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAAc < 1:2305299/150‑1 (MQ=14) gTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGACCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 2:2370017/1‑150 (MQ=255) atcccgGGGAAACCCGGCCCCCACCCCGGGGTGGCCACACATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 2:3095973/146‑1 (MQ=11) gcgcgGGTAAACCC‑GCTCCTCCCCCGGGGTTGACACACATGTCGGTGGTAGTTGTCTCGTGTCGTGCGGCGTAGAGGGCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCtt < 1:1945747/149‑1 (MQ=9) acgggggTAAACCC‑GCCCGGCCCACGGGGTGGCCACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGACGAGGCCGGGCCTTCGGGCCAAACTCCCCCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCtt < 1:2222903/146‑1 (MQ=14) gcgGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGt > 2:308668/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGt > 1:1766284/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGt > 2:4260196/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGt > 2:4475062/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGt > 1:1356848/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTAt > 2:1222802/1‑150 (MQ=255) ggcaaacccc‑GCCCCTCCCCCGCCGAGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGCAGAGGCCGCGCCAGCTGGACAATCTCCACCTGCCGGTCCGCGTTGCCCCCTCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTAt < 2:3752175/143‑1 (MQ=14) ggTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATg < 2:574104/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGTGTATg > 1:357585/1‑150 (MQ=255) gTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATgg > 1:3105294/1‑150 (MQ=255) tAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGt > 2:1159895/1‑150 (MQ=255) aaaCCC‑GCTCCTACCCCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:3659377/150‑1 (MQ=255) aaaCCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGTCACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:1464693/150‑1 (MQ=255) aaaCCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:4039736/150‑1 (MQ=255) aaaCCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:1514478/150‑1 (MQ=255) ccc‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 2:613096/1‑150 (MQ=255) ccc‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 1:3862422/1‑150 (MQ=255) ccc‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 2:2257950/1‑150 (MQ=255) ccc‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 2:2257966/1‑150 (MQ=255) cc‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGAc > 2:4007185/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACtt < 1:2909556/150‑1 (MQ=255) ccTACCACGGGGTGGACACAGATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGaa < 2:4222443/150‑1 (MQ=255) cTACCACGGGGTGGACACACATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCTAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAg < 1:3109974/150‑1 (MQ=255) cTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAg > 2:3138381/1‑150 (MQ=255) cTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAg > 1:2996176/1‑150 (MQ=255) cTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAg > 2:4173715/1‑150 (MQ=255) aCCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAggg < 1:544267/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGgga < 1:1008961/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGgga > 2:106273/1‑150 (MQ=255) ccACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGgga < 1:193520/150‑1 (MQ=255) cACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggag > 1:2019799/1‑150 (MQ=255) aCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggagg > 2:3593773/1‑150 (MQ=255) aCGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggagg > 2:3593339/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGGACACACATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggagga < 2:3253962/150‑1 (MQ=255) cGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggagga > 1:1602620/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGggagga < 2:835040/150‑1 (MQ=255) tGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTcgc > 2:4154235/1‑107 (MQ=40) tGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTcgc < 1:4154235/107‑1 (MQ=40) tGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGaggaggagg < 1:158260/150‑1 (MQ=255) tGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGaggaggagg < 1:4482428/150‑1 (MQ=255) tGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGaggaggagg > 1:3652795/1‑150 (MQ=255) gACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGc > 2:289722/1‑150 (MQ=255) acacacATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGcc > 1:3191867/1‑150 (MQ=255) | GCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACCACGGCGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCC > NC_002947/5758520‑5758818 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |