| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 432,997 | A→T | 10.7% | intergenic (+19/+28) | PP_0355 → / ← glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 432,997 | 0 | A | T | 10.7% | 579.5 / 44.8 | 187 | intergenic (+19/+28) | PP_0355/glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/67); new base T (13/7); total (113/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GTGTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGT > NC_002947/432850‑433146 | gtgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCAGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTaaaa > 2:408609/1‑150 (MQ=255) gtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 1:3584046/150‑1 (MQ=255) gtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 1:1583937/150‑1 (MQ=255) 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ggACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGc > 2:1900482/1‑150 (MQ=255) ggACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGc > 2:1966975/1‑150 (MQ=255) gACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGcc > 2:38883/1‑150 (MQ=255) gACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGcc > 1:3913185/1‑150 (MQ=255) gACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGcc > 1:2792521/1‑150 (MQ=255) aCCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCa < 2:1352927/150‑1 (MQ=255) aCCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGATCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCa > 1:1337600/1‑150 (MQ=255) cGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGttgctt > 1:1803987/1‑107 (MQ=255) gTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGt > 1:4359559/1‑150 (MQ=255) gTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGt > 1:3258190/1‑150 (MQ=255) tAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGtt < 2:3550341/150‑1 (MQ=255) | GTGTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGT > NC_002947/432850‑433146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |