Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,872,290 | A→T | 8.4% | intergenic (+73/+61) | PP_5144 → / ← ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,872,290 | 0 | A | T | 8.4% | 398.4 / 6.5 | 132 | intergenic (+73/+61) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/58); new base T (5/7); total (67/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
AGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAG‑CGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCG > NC_002947/5872141‑5872439 | ccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGa > 1:1475731‑M1/99‑150 (MQ=255) ccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGa > 2:2568854‑M1/99‑150 (MQ=255) ggggCAAAGTCGGCTGGTTGAGCGCTGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGTAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAt < 2:1357076/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |