| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,986,414 | T→C | 15.3% | intergenic (+32/+57) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,986,414 | 0 | T | C | 15.3% | 372.2 / 51.3 | 173 | intergenic (+32/+57) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/66); new base C (12/12); total (91/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-03 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTT > NC_002947/5986268‑5986563 | gCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:3781184/150‑1 (MQ=255) gCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:626917/1‑150 (MQ=255) gCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:3122677/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGt < 1:1214887/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGt < 1:3907724/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGt < 1:2821650/150‑1 (MQ=255) aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGCCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt > 2:3897889/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 2:2340936/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 1:477497/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 2:3574311/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCGCCGggcggcgggg > 1:3633689/1‑146 (MQ=255) gTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑gggg < 2:2053656/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGc < 1:1838955/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGc > 2:2227118/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCCCTCCGACCGTCGGGGGTT‑Ggggggg > 1:4220307/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCgg < 1:1692228/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCgg < 1:2057455/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCgg < 2:4456016/150‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCggg < 2:425992/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCggg < 1:1907706/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCggg < 2:3723675/150‑1 (MQ=38) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGt < 1:2208265/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTAcc > 2:4343222/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACGGTCGGCGGTT‑GGGGCGGGGTTAcc > 2:21519/1‑150 (MQ=39) cAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTAccc < 2:415155/150‑1 (MQ=255) ggCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCACCGACGGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTTCCcgc > 1:2878159/1‑150 (MQ=255) cccACGGCGGGCAGCTGCTGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGa < 2:2717830/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGGTTACCCGCGac > 2:1944453/1‑149 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:1102457/150‑1 (MQ=255) gcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGGTCGGGTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 2:311318/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGt > 2:1105998/1‑150 (MQ=255) gCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACGGTCGGCGGGA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGt > 2:3803336/1‑150 (MQ=255) gCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCGTGGCGGGTAAAACCCCACCGAAGGTCGGGGGGATGGGGGGGGTTTACCC‑CGAAGAGGCCAGt > 1:4178907/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTa > 2:4179309/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCACCAACCGGCGGCGGGA‑GGGGCGGGTTTACCCCCGAAGAGGCCCGGACAg > 1:323353/1‑150 (MQ=38) gCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGTTGCCGTCTTCGGGTCAGTCTGCCTTTGAAACCCGCATCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTCCGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGt < 2:3054922/150‑1 (MQ=37) ggCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTa < 2:1483962/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCCGGTAAAAACCCACCAAAGGTCGGCGGTT‑GGGGCGGGTTTTAACGCCAAAAGGCCAGTACAAGTTTa > 1:3536840/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCACTTCGCGGGTAAAACCCCACCCACGCGAGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGCCGAGGCCACAACAAGTTTa > 1:3469170/1‑150 (MQ=255) gcTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCACTACAGGTTTACAt > 2:2320524/1‑150 (MQ=255) cgggTGTCGCCGTGGGGTGGATGCGGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTT‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATc < 2:2323240/148‑1 (MQ=38) tgtCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCcg > 2:3651790/1‑120 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCACATAGCCGGTAAAAACCCAACCAACCTCGGCTGTG‑GGGGCGGGTTTAACCCCCAACAGGCCACAACAAGTTTAAAAAAACGCGAg > 1:3860525/1‑150 (MQ=255) gTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGCAACCCGCTCCGACGGGCGGCGGGA‑GGGGCGGGGTTTCCCGCGCAGAGGCCCGTCCAGGTTTACATCAGCGCGGGGCCAgcgc > 2:2823784/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCg < 2:338645/149‑1 (MQ=255) tGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTCCGACCGGCGGCGGGA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGGTGCCAGTACATGGTTAAATCATCGCGAGGCCAGCGCAGCGt > 2:1190333/1‑150 (MQ=37) gcggtaTTGGTGTCAGAGTGCATTTCAATCCCGCATAGCGTGGGCCGGCCTCTGCGCGGTTAACCCCGCACCTCGGGTGGGCTGTC‑GGGGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTa < 1:3539550/145‑1 (MQ=255) gCCGTATTCGTGTCAGTCTGCCTTTTAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTa < 2:2431011/150‑1 (MQ=255) gCCGTATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTa < 2:2431022/150‑1 (MQ=255) gCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCCCGCATCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTa < 1:2929980/150‑1 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGACCAGCGCTGCGTAGCt < 2:2601280/150‑1 (MQ=255) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCTACTACGGGCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTAACCGCGCAGAGGCCAGTACAGGTTTAAATAAGCGCGAGGCCAGCGCAGCGGAGCGGTtcatc > 1:1475150/1‑150 (MQ=37) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCACATCGCGGGTAAAACCCCGACAAACGTCGGCAGTA‑GGGGCGGGTTTAACCCCCCAGAGGCCAGTACAGGTTTAAAACACCGCGAGGCCACCGCAGCGTAGCAGTtcaac > 2:74157/1‑148 (MQ=255) tgtCAGTCTGCCTTTCAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatc < 2:51079/150‑1 (MQ=255) tCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGGACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAg > 2:3367390/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTACTAACGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTAAACCCGAAGAGGCCACTAAAGGGTTACATCAGCCCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTGATCAg > 2:163543/1‑150 (MQ=255) cTTTTAATCACGCTTCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTT‑GGGGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa < 1:999889/150‑1 (MQ=38) tttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGGAGAGGCCAGTACCGGGTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAg > 2:3248634/1‑150 (MQ=255) aaTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:3689809/150‑1 (MQ=255) aTCCCGCATCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGGGGGTAACCCCGCTCCTCGGGGCGGCTTTG‑GGGGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 1:3452914/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg < 1:3671097/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCTACGGTCGGCGGGA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGCAGAGGCCAGTACAGGGTTACATCCGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCCGGTGGCGGTAGTTgggg > 2:3603197/1‑150 (MQ=38) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACGGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTAAGGGTGTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTGGCTGTTCATCAGGGTGCGGGAGTTgggg > 2:2334518/1‑150 (MQ=37) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTACTACGGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCTGGGTGCGGTGGTTgggg > 2:1728120/1‑150 (MQ=38) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCGCGTAAAACCCCTACAACCGTCCGCTGAA‑CGGGCGGGTTTACCCGCCGAGGCGCCCGGACAGGGTTACAAGAGCGCCGGGCCAGCGCTGCGGAGCTGTTCCACAGGTGGCGGGCGGTgggg > 2:864880/1‑150 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCCCGGGTAAACCCCCTCCTACGGTCGGCGGGA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGGTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCg > 2:4495673/1‑150 (MQ=39) gcgggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTCCGGGCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagc < 1:432062/147‑1 (MQ=38) cgggCCGCCTCGGGGTTAACCCCGCCCCCCGGGTGGGGTGTG‑GGGGGGGGTTCCCCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca < 1:21519/148‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCGGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGGAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca > 2:2618824/1‑150 (MQ=255) ggCCTCGTCGCGGGTACACCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAgg < 2:4455155/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAACCGGCTCCTCCGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGt < 2:3540395/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCAGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGt > 2:1854703/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGGA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 1:3961615/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 2:1102/1‑150 (MQ=37) gggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 2:1095/1‑150 (MQ=37) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGTTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 2:4189955/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 1:276041/1‑150 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTc < 2:2133837/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa > 1:1836812/1‑150 (MQ=255) ccccGCTCCTCCGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 1:4429830/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:190566/150‑1 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGTGGATACGCTGCGACAGCAGGTAAACCAGCCATTCGAt > 2:4331922/1‑150 (MQ=37) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:624680/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:4106320/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCCAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCAGATCATCAGCTTGCGGTAGTTGGGGATACGCAGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:2883965/1‑150 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:1075019/1‑150 (MQ=37) cccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 1:8115/93‑1 (MQ=18) cccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc > 2:8115/1‑93 (MQ=18) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTC‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt < 2:2011483/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTCGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCGTCGATGt > 1:2675382/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3998639/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:2757353/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:4050339/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAGTACCGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:1803292/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGCAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2271469/1‑150 (MQ=25) ccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:824647/1‑150 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTA‑GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:2770195/1‑150 (MQ=38) cTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGt < 2:4220307/150‑1 (MQ=255) tCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc > 1:2536549/1‑88 (MQ=255) tCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 1:3336667/1‑150 (MQ=255) | GGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTA‑GGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTT > NC_002947/5986268‑5986563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |