| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 139,749 | A→C | 6.6% | L252R (CTG→CGG) | kinB ← | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 139,749 | 0 | A | C | 6.6% | 575.9 / 4.0 | 214 | L252R (CTG→CGG) | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/88); new base C (7/12); total (112/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTGGC > NC_002947/139600‑139897 | aCCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCcagc < 1:3885917/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCcagc < 2:392328/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCcgcagc > 1:4244055/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 2:2746980/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCagcagc < 2:3167879/150‑1 (MQ=255) gctgctGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtc > 2:2849231/1‑150 (MQ=255) gctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgtc < 2:1859929/150‑1 (MQ=255) gctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgtc < 2:2289843/150‑1 (MQ=255) ctgcCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCtcgtcg > 1:4346913/1‑150 (MQ=255) cccAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACg > 1:2006256/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg > 1:2787689/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg < 2:3171581/150‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCGGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtg < 1:667665/150‑1 (MQ=255) ggggCTTTCTTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGCGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTtggt < 1:933915/148‑1 (MQ=255) tGTCGTGCCCGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGTGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAAGGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCt < 1:4387643/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTGGAGGCGGCCCTGACGGTCTATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTg < 1:3572563/150‑1 (MQ=255) gTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCCGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTg > 1:2291857/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGGTGCCTGGTg > 1:4099890/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGc > 2:605021/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTGGGTGGCCTGGTGc > 2:3059471/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCGCGTCGACGGTGGTGGCCGGGTGCt > 1:1217071/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGATGAGGAGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCt > 1:2241343/1‑150 (MQ=255) ccagcccagcTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCtt < 2:3758906/150‑1 (MQ=255) 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gcTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCgg > 1:3205264/1‑150 (MQ=255) gcTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCgg > 2:1359609/1‑150 (MQ=255) gcTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCGGGTGCTTGCGCACGGCATCgg > 2:4353513/1‑150 (MQ=255) gcTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCGGGTGCTTGCGCAAGGCATCgg > 1:135196/1‑150 (MQ=255) ccACCGGGTTGTGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCCGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTTAAAACGCGGCTGGCCGGCCCGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCa < 1:628573/150‑1 (MQ=255) 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gcCCTGACGGTCTATTATCAGCAGGCCGTCGTCGTTGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGtt < 1:4021441/150‑1 (MQ=255) gcCCTGACGGTCGTTTATATGCAGGCCGTCGTCTTTGCTGTCGTGTACCGCCTTTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGtt < 1:3667589/150‑1 (MQ=255) gcCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGtt < 2:784365/150‑1 (MQ=255) ccTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCCAGGCATCGGCCAACAGACCAAAAAGGCGGGTCAGCTGGTTGa > 1:1117297/1‑150 (MQ=255) cTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCGAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAg < 2:1656069/150‑1 (MQ=255) 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cagcagCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTGGc < 2:499851/150‑1 (MQ=255) | CGACCAGGCTGCTGCCCAAGCGGCTGTCGTTCCAGCCCAGCTGGCGCTGCGCCACCGGGTTGAGGTGCTCGAGGCGGCCCTGACGGTCGATGATCAGCAGGCCGTCGTCGATGCTGTCGAGTACCGCCTGTAAACGCTGCTGGCCGGCCAGCAGCTCGTCGACGTTGGTGGCCTGGTGCTTGCGCAAGGCATCGGCCATCAGACCAAAACGGCGGGTCAGCTGGTTGAGCTCGGCGGCCTGGGTGACCGGCAAGGTCACATCGAAATTGCCCTTGCCCAACTGGTCGGCCGCCTTGGC > NC_002947/139600‑139897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |