| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 725,714 | G→A | 5.1% | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 725,714 | 0 | G | A | 5.1% | 836.3 / 21.7 | 255 | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (149/93); new base A (7/6); total (156/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ACACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCA > NC_002947/725565‑725860 | cacTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 1:3577475/150‑1 (MQ=255) acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCggg > 2:2898433/1‑150 (MQ=255) acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCggg < 2:3078955/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCt > 1:1045274/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCGTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCg > 2:2310213/1‑150 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg < 2:4183260/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg < 1:204603/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 2:2164643/150‑1 (MQ=255) 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ACACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCA > NC_002947/725565‑725860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |