Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 725,716 | G→T | 5.1% | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 725,716 | 0 | G | T | 5.1% | 884.7 / 24.3 | 255 | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (149/93); new base T (7/6); total (156/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
ACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCACCCAG > NC_002947/725567‑725865 | acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCggg < 2:1688170/150‑1 (MQ=255) acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCggg > 2:2898433/1‑150 (MQ=255) acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCggg < 2:3078955/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTg > 1:4479599/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCt > 1:1045274/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCg > 1:2256101/1‑150 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg < 1:2994125/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg > 1:805849/1‑150 (MQ=255) 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gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATg < 2:1166415/150‑1 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATg > 1:4286321/1‑150 (MQ=255) aGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGc < 1:660090/150‑1 (MQ=255) acgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCa < 2:2012462/150‑1 (MQ=255) acgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCa < 2:2204636/150‑1 (MQ=255) cgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAg > 1:3954319/1‑150 (MQ=255) acAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGTCTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgc > 1:2656189/1‑150 (MQ=255) acAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTACCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgc < 1:1768072/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgcg > 1:285033/1‑150 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgcgc < 2:1058511/150‑1 (MQ=255) 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tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgtg > 2:1295538/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCaa < 1:2485289/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAgg < 2:1066068/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAgg < 2:2245605/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAgg < 2:1606801/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |