Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 797,512 | G→A | 6.0% | intergenic (+33/‑44) | PP_0682 → / → PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 797,512 | 0 | G | A | 6.0% | 687.4 / 22.0 | 215 | intergenic (+33/‑44) | PP_0682/PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/94); new base A (6/7); total (114/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TCATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAATA > NC_002947/797364‑797661 | tCATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTggggg > 1:4200305/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGAACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg > 2:3935688/1‑150 (MQ=255) ggATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcggg < 1:1034349/150‑1 (MQ=255) gATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgggc < 2:1940751/150‑1 (MQ=255) aTGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCa > 1:794642/1‑150 (MQ=255) aTGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCa < 2:2559155/150‑1 (MQ=255) gcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGcc > 2:3010749/1‑150 (MQ=255) gcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGcc > 2:200587/1‑150 (MQ=255) cAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGccc < 2:3067521/150‑1 (MQ=255) aGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCg < 2:1775450/150‑1 (MQ=255) gAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGc > 1:1621379/1‑150 (MQ=255) aaCATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCt < 1:4347011/150‑1 (MQ=255) aaCATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCt < 1:285564/150‑1 (MQ=255) cATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTcc < 1:3115601/150‑1 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCGCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcac < 2:3794636/150‑1 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcac > 1:3703135/1‑150 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCcac < 1:3934989/150‑1 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGCTGTGGTACGTGATCATCCCCATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCcaca < 2:1473154/150‑1 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcaca > 2:652062/1‑150 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcaca < 2:3604954/150‑1 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc < 2:2261273/146‑1 (MQ=255) ccACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAg < 2:3383380/150‑1 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGa > 1:305751/1‑150 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCACCCACAGa > 2:2304338/1‑150 (MQ=255) aCCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGat > 1:943469/1‑150 (MQ=255) ttACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACTTGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAATCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGa < 1:2415071/150‑1 (MQ=255) ttACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGa < 2:42505/150‑1 (MQ=255) cccTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAgg < 1:2051793/149‑1 (MQ=255) aCCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAgg < 1:3372309/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc < 1:189953/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTATCGGCGTTCTGAATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCACCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACACCACTCGAGGCTc > 1:2890066/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCaa < 2:1673191/150‑1 (MQ=255) gtgGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACt < 2:765420/150‑1 (MQ=255) ggTACGTGTTCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTGTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGTCCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGGCTCTGTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGGCCGCTCCCACAGATTTCGAGGCTCAACTGa > 2:2783983/1‑150 (MQ=255) aTGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCAt < 2:546729/150‑1 (MQ=255) gACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGc < 1:1079117/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCtt < 1:298597/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCtt > 2:1421755/1‑150 (MQ=255) 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ggggCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCaa > 2:1037793/1‑150 (MQ=255) | TCATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAATA > NC_002947/797364‑797661 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |